人肿瘤关联钙信号转导因子2的生物信息学分析

发布时间：2021-10-23 00:00

　　目的人肿瘤关联钙信号转导因子2 （TACSTD2）在肿瘤形成过程中的促癌作用越来越受到重视。文中旨在采用生物信息学方法预测TACSTD2的分子结构和生物学功能,为进一步研究TACSTD2的功能提供借鉴。方法获取人源性TACSTD2基因mRNA和蛋白氨基酸序列,利用生物信息学方法分析TACSTD2蛋白开放阅读框（ORF）、理化性质、信号肽、亚细胞定位,预测TACSTD2蛋白的跨膜结构、二级结构、三级结构、结构域、蛋白修饰位点,最后预测TACSTD2蛋白的互作蛋白并进行相关的通路分析,及TACSTD2在人不同正常组织和肿瘤组织中的mRNA和蛋白表达水平。结果 TACSTD2的mRNA序列得到的ORF有12个,最长的ORF是ORF1,共972bp,可编码323个氨基酸。TACSTD2蛋白亲水性的氨基酸要多于疏水性的氨基酸,表明TACSTD2蛋白属于亲水性蛋白。TACSTD2是一种高度保守的碱性分泌蛋白,在胞质内外均有跨膜区。TACSTD2氨基酸序列存在核定位信号（nuclear localization signal,NLS）,提示TACSTD2可定位于细胞核。TACSTD2蛋白主要分布在细... 

【文章来源】：医学研究生学报. 2020,33(06)北大核心

【文章页数】：7 页

【图文】：

TACSTD2 mRNA在不同肿瘤中的分布

TACSTD2蛋白的脂肪指数为93.28,亲水性的平均值为-0.228。TACSTD2蛋白最大的疏水性分值为3.8,亲水性最大的数值为-2.3。图1显示TACSTD2蛋白亲水性的氨基酸多于疏水性的氨基酸,表明TACSTD4蛋白属于亲水性蛋白。2.3 TACSTD2蛋白信号肽预测及蛋白质定位

TACSTD2蛋白存在信号肽:剪切位点C 的最大值为0.846,位于31位氨基酸,综合剪切位点Y 最大值为0.879,位于31位氨基酸,信号肽S 最大值为0.985,其预测的剪切点在1-30位氨基酸。S 平均值为0.913,能够形成经典的信号肽区域,说明TACSTD2蛋白是分泌蛋白且有信号肽。在第30-31位氨基酸残基间C值最大,S值陡峭,Y值最高峰,预测为信号肽剪切位点。NLStradamus 工具预测结果显示,TACSTD2氨基酸序列存在NLS,提示TACSTD2可定位于细胞核。见图2。2.4 TACSTD2蛋白的亚细胞定位分析

【参考文献】：
期刊论文
[1]新基因6次跨膜表位抗原4在肥胖患儿脂肪组织的表达及生物信息学分析[J]. 高春林,刘光陵,夏正坤,邱洁,高远赋,樊忠民,伏洁,任献国,徐敏,郭锡熔.  医学研究生学报. 2011(02)
[2]高迁移率族蛋白-1的结构与细胞外功能[J]. 姜南艳,于文彬,苏明权.  医学研究生学报. 2004(11)



本文编号：3452068