基于肿瘤突变负荷分析对膀胱癌病理机制的探讨

发布时间：2022-01-03 11:53

　　目的免疫治疗在膀胱癌中发挥着重要作用。肿瘤突变负荷（Tumor Mutation Burden,TMB）与免疫微环境的关系密切。基于TMB分析探索膀胱癌的病理机制,有助于膀胱癌免疫机制的明确,也为临床医生提供一个新的生物标志物。方法从TCGA数据库中收集与膀胱癌有关的数据,计算TMB值,将之分为高TMB组与低TMB组。分析TMB与临床数据之间的相关性,绘制生存曲线。利用limma程序包,查找两组间的差异表达基因（Differential Expressed Genes,DEGs）。对DEGs进行GO和KEGG通路分析。之后应用clusterProfiler软件包对差异基因的功能进行分析。应用GEPIA探讨差异基因与膀胱癌患者总生存期的关系。最后,建立膀胱癌TMB与免疫微环境的关系,探究膀胱癌中免疫细胞的变化。结果（1）膀胱癌中最常见的突变是错义突变。变体类型中SNP占比最大。SNV中的C>T转换最多,C>G次之。膀胱癌中突变的TP53基因与突变的FGFR3基因互斥,而与突变的RB1基因共现。突变的TTN基因与突变的ERBB2、OBSCN、FAT4、ATM、MACF1和MUC... 

【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：63 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

膀胱癌体细胞变异的可视化

兰州大学硕士学位论文基于肿瘤突变负荷分析对膀胱癌病理机制的探讨13图3-2突变基因的瀑布图注：根据基因的突变频率排序，突变类型显示在底部。图3-3突变基因的三角矩阵图注：膀胱癌中突变基因的互斥和共存以三角矩阵图显示。绿色表示共现的倾向，而粉红色表示倾向于排他性。

兰州大学硕士学位论文基于肿瘤突变负荷分析对膀胱癌病理机制的探讨13图3-2突变基因的瀑布图注：根据基因的突变频率排序，突变类型显示在底部。图3-3突变基因的三角矩阵图注：膀胱癌中突变基因的互斥和共存以三角矩阵图显示。绿色表示共现的倾向，而粉红色表示倾向于排他性。

【参考文献】：
期刊论文
[1]273例多形性胶质母细胞瘤TTN突变分析[J]. 房磊,矫健,高明伟,房昕.  解剖科学进展. 2019(04)
[2]皮革样膀胱癌的临床特点分析[J]. 张维宇,王焕瑞,胡浩,王起,张晓鹏,许克新.  中国医学科学院学报. 2019(03)
[3]膀胱癌病因学研究进展[J]. 白云金,李金洪,魏强,韩平.  现代泌尿外科杂志. 2014(10)



本文编号：3566230