肝癌免疫微环境中髓系细胞亚群组成及其与肝癌预后的关联研究
发布时间：2022-11-02 21:06
肝癌是发病率与致死率较高的实体肿瘤之一,其五年生存率仅有5%-7%且复发率高达60-70%。驱动肝癌的发生发展的因素包括内在因素和外在因素。内在因素指肝实质细胞中发生的突变;而外在因素指肿瘤细胞与周围的基质细胞、免疫系统及非细胞成分的相互作用。对于已经发生突变形成的肿瘤细胞,通过免疫系统或细胞外基质的作用将其清除,从而抑制肿瘤的发展和转移。因此,肿瘤与其外在的环境共同构成肿瘤微环境的相互作用在肿瘤发展、复发及转移中扮演中重要角色。其中,肿瘤浸润免疫细胞及其分泌的细胞因子组成的免疫微环境是影响肿瘤微环境的重要组成部分。由于技术受限,先前对肝癌中复杂的免疫微环境的研究工作大多数是基于大量细胞的水平在原位或经细胞分选后对特定一类细胞进行研究。单细胞测序技术的发展为肿瘤微环境的系统研究提供了有力工具。越来越多的研究表明,免疫微环境中各种免疫细胞以及不同免疫细胞之间的相互作用都影响肿瘤发生和发展,特别在肿瘤的逃逸中也扮演越来越重要的角色。然而目前对于肝癌免疫微环境在单细胞水平的研究,对淋巴细胞类型组成和功能有了初步认识,但肝癌中髓系细胞亚型的特征与肿瘤的作用仍然知之甚少。此外,原发性与复发性肝癌...
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 绪论
1.1 肝癌的概述
1.1.1 肝癌的全球趋势
1.1.2 肝癌的致病因素和分子机制
1.1.3 肝癌的治疗
1.2 肿瘤微环境的研究现状
1.2.1 肿瘤微环境的概念
1.2.2 肿瘤微环境中的免疫细胞及其功能
1.3 单细胞RNA测序技术的发展及应用
1.4 本课题的研究意义及主要内容
1.4.1 本课题的研究意义
1.4.2 本课题的主要研究方法和内容
第二章 单细胞RNA测序方法及数据预处理
2.1 引言
2.2 实验材料与方法
2.2.1 单细胞RNA测序样本
2.2.2 组织消化及细胞悬液制备
2.2.3 免疫细胞的流式分选
2.2.4 单细胞转录组文库制备及测序
2.3 单细胞RNA-seq数据的预处理
2.3.1 单细胞RNA-seq数据的过滤与表达量定量
2.3.2 单细胞样本和基因质控
2.3.3 管家基因表达
2.4 本章小结
第三章 解析肝癌微环境的免疫细胞图谱
3.1 引言
3.2 材料与方法
3.2.1 单细胞聚类分析及可视化
3.2.2 细胞亚群特征基因的鉴定
3.2.3 福尔马林固定石蜡包埋组织样本
3.2.4 免疫组化分析
3.3 肝癌微环境中免疫细胞类型鉴定
3.3.1 免疫细胞的聚类分析及降维可视化
3.3.2 差异表达分析及细胞类型鉴定
3.4 肝癌微环境中髓系细胞亚型鉴定
3.4.1 髓系细胞的聚类及降维可视化
3.4.2 差异表达分析及细胞类型鉴定
3.5 肝癌中免疫细胞的浸润差异
3.6 肝癌中髓系细胞亚型的浸润差异
3.7 本章小节
第四章 肝癌微环境与数据库中外周血的DC细胞组成及转录组差异的对比分析
4.1 前言
4.2 数据来源
4.2.1 外周血DC单细胞转录组数据获取
4.2.2 肿瘤微环境数据获取
4.3 肝癌微环境与数据库中外周血的DC细胞组成及转录组差异
4.3.1 肝癌微环境与外周血中DC细胞的整合分析
4.3.2 肝癌微环境与外周血中DC细胞的差异表达基因鉴定
4.4 DC3在黑色素瘤与头颈癌中的鉴定
4.5 肝癌微环境中DC的募集
4.6 本章小结
第五章 肝癌微环境中髓系细胞与肝癌临床表型和预后的关联分析
5.1 前言
5.2 数据来源与分析方法
5.2.1 癌症数据库中肝癌数据获取
5.2.2 TAM的极化状态分析
5.2.3 生存分析
5.3 肝癌微环境中髓系细胞与肝癌临床表型的关联分析
5.4 TAM的极化状态与肝癌预后的关系
5.4.1 TAM的极化状态
5.4.2 肝癌中TAM与预后的关联
5.5 微环境中单核细胞与肝癌预后的关系
5.5.1 FCN1_mono的特征与预后的关系
5.5.2 Mono4的特征与预后的关系
5.6 微环境中DC亚型与肝癌预后的关系
5.6.1 微环境中DC亚型的特征
5.6.2 肝癌微环境中DC与预后的关联
5.7 本章小结
总结与展望
总结
展望
参考文献
攻读硕士学位期间取得的研究成果
致谢
附件
本文编号：3700271
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 绪论
1.1 肝癌的概述
1.1.1 肝癌的全球趋势
1.1.2 肝癌的致病因素和分子机制
1.1.3 肝癌的治疗
1.2 肿瘤微环境的研究现状
1.2.1 肿瘤微环境的概念
1.2.2 肿瘤微环境中的免疫细胞及其功能
1.3 单细胞RNA测序技术的发展及应用
1.4 本课题的研究意义及主要内容
1.4.1 本课题的研究意义
1.4.2 本课题的主要研究方法和内容
第二章 单细胞RNA测序方法及数据预处理
2.1 引言
2.2 实验材料与方法
2.2.1 单细胞RNA测序样本
2.2.2 组织消化及细胞悬液制备
2.2.3 免疫细胞的流式分选
2.2.4 单细胞转录组文库制备及测序
2.3 单细胞RNA-seq数据的预处理
2.3.1 单细胞RNA-seq数据的过滤与表达量定量
2.3.2 单细胞样本和基因质控
2.3.3 管家基因表达
2.4 本章小结
第三章 解析肝癌微环境的免疫细胞图谱
3.1 引言
3.2 材料与方法
3.2.1 单细胞聚类分析及可视化
3.2.2 细胞亚群特征基因的鉴定
3.2.3 福尔马林固定石蜡包埋组织样本
3.2.4 免疫组化分析
3.3 肝癌微环境中免疫细胞类型鉴定
3.3.1 免疫细胞的聚类分析及降维可视化
3.3.2 差异表达分析及细胞类型鉴定
3.4 肝癌微环境中髓系细胞亚型鉴定
3.4.1 髓系细胞的聚类及降维可视化
3.4.2 差异表达分析及细胞类型鉴定
3.5 肝癌中免疫细胞的浸润差异
3.6 肝癌中髓系细胞亚型的浸润差异
3.7 本章小节
第四章 肝癌微环境与数据库中外周血的DC细胞组成及转录组差异的对比分析
4.1 前言
4.2 数据来源
4.2.1 外周血DC单细胞转录组数据获取
4.2.2 肿瘤微环境数据获取
4.3 肝癌微环境与数据库中外周血的DC细胞组成及转录组差异
4.3.1 肝癌微环境与外周血中DC细胞的整合分析
4.3.2 肝癌微环境与外周血中DC细胞的差异表达基因鉴定
4.4 DC3在黑色素瘤与头颈癌中的鉴定
4.5 肝癌微环境中DC的募集
4.6 本章小结
第五章 肝癌微环境中髓系细胞与肝癌临床表型和预后的关联分析
5.1 前言
5.2 数据来源与分析方法
5.2.1 癌症数据库中肝癌数据获取
5.2.2 TAM的极化状态分析
5.2.3 生存分析
5.3 肝癌微环境中髓系细胞与肝癌临床表型的关联分析
5.4 TAM的极化状态与肝癌预后的关系
5.4.1 TAM的极化状态
5.4.2 肝癌中TAM与预后的关联
5.5 微环境中单核细胞与肝癌预后的关系
5.5.1 FCN1_mono的特征与预后的关系
5.5.2 Mono4的特征与预后的关系
5.6 微环境中DC亚型与肝癌预后的关系
5.6.1 微环境中DC亚型的特征
5.6.2 肝癌微环境中DC与预后的关联
5.7 本章小结
总结与展望
总结
展望
参考文献
攻读硕士学位期间取得的研究成果
致谢
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