利用转录组学验证胃癌患者唾液代谢组的诊断效力和预后相关性

发布时间：2023-02-11 14:13

　　背景介绍胃癌是我国最常见的恶性肿瘤,起病隐匿,晚期胃癌预后极差。早期诊断是改善其预后的关键。随着次世代测序技术和质谱技术的发展,组学关联分析越来越受到重视,许多研究利用代谢组学和转录组学联合分析,探究肿瘤的发病机制。如同血液尿液一样,唾液可以用来监测人体的生理病理变化,且在收集,存储,运输和大量采样方面具有巨大优势。方法收集157名胃癌患者和30良性胃病患者的唾液进行超高像色谱质谱分析,再通过学生t检验(p<0.05)和OPLS-DA(VIP>1)分析寻找诊断相关标志物,之后再对患者进行随访并对随访数据进行COX风险回归分析筛选预后相关代谢物。同时收集了100名患者的胃癌组织样本和30例癌旁组织样本进行转录组学测序,以q(多重假设检验校正的p值)小于0.05,两组间基因表达差异倍数(foldchange)的绝对值大于2作为标准筛选显著性DEGs。最后,对两个组学的数据进行KEGG pathway富集分析,以KEGG数据库为平台进行关联分析。结果在唾液UHPLC-MS分析中得到了58个显著差异的代谢物。基于8个差异代谢物的诊断模型提供了最佳的诊断灵敏度和特异度,经留一法交叉验...

【文章页数】：60 页

【学位级别】：硕士

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引言
第一章 唾液组学分析
    1.1 材料与方法
        1.1.1 患者招募和临床特征
        1.1.2 样本收集
        1.1.3 UHPLC-MS实验流程
    1.2 代谢组学结果
        1.2.1 色谱质谱原始数据处理
        1.2.2 唾液差异代谢物的筛选和组间分布情况
        1.2.3 诊断函数模型
        1.2.4 代谢物的预后相关性分析
        1.2.5 KEGG pathway分析
    1.3 讨论
        1.3.1 差异代谢物反映出差异代谢通路变化
        1.3.2 新颖的差异代谢物
        1.3.3 唾液代谢组的诊断效力和预后评估
第二章 转录组学分析
    2.1 材料与方法
        2.1.1 标本收集
        2.1.2 测序流程
    2.2 测序结果
        2.2.1 测序结果的质控检查和比对数据库
        2.2.2 转录组测序的定量分析和差异基因分析
    2.3 讨论
第三章 组学关联分析
    3.1 关联分析结果
    3.2 讨论
第四章 结语
    4.1 结论
    4.2 展望
附录 个人简历
致谢
参考文献
    引言参考文献
    正文参考文献
基于次世代测序和质谱分析的多组学关联分析对胃癌研究的启示
    参考文献



本文编号：3740535