高、低转移肝癌细胞系外显子测序及进化分析

发布时间：2023-05-22 04:40

　　目的:肝癌是全球第六常见的癌症,也是排名第四的癌症死亡原因。中国肝癌每年新发病例和死亡病例占全球50%以上,大多数肝癌初次诊断时已经伴随远处转移。由于肝癌异质性的存在,肝癌在化疗、靶向治疗、免疫治疗等治疗容易产生耐药,探究肝癌异质性显得格外重要。方法:对来自同一患者具有不同转移潜能的肝癌细胞系(MHCC97-L、MHCC97-H、HCC97LM3)进行了全外显子测序。在Oncotator中注释了测序数据,并找到非沉默类型突变基因。为了探究三株细胞进化关系,用Mega X软件构建了基于基因组单核苷酸多态性(SNP)的进化树。根据三株细胞突变位点和基因绘制维恩图并计算了异质性。在Excel中统计三株细胞的碱基改变情况、已知肝癌驱动基因和10个经典致癌信号通路上的基因突变情况。为了进一步探究三株细胞的不同,通过分析突变位点找到三株细胞的主干差异突变基因和各自特有的基因,利用STRING构建了蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络找到hub突变基因,在c Bio Portal数据库中查询hub基因的突变与肝癌总生存期(OS)的关系。由于基因突变会影响基因表达,在ULCAN数据库探究了关键基因在肝...

【文章页数】：108 页

【学位级别】：硕士

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中文摘要
Abstract
前言
1 材料与方法
    1.1 细胞培养
    1.2 DNA提取
    1.3 DNA样本评估及全外显子测序
    1.4 Oncotator注释突变体
    1.5 三株细胞的进化树以及突变基因分布
    1.6 功能富集分析
    1.7 蛋白质网络互作分析
    1.8 HUB基因突变与HCC病人预后关联分析
    1.9 HCC中 HUB基因的表达与病人预后关联分析
    1.10 三株细胞的差异蛋白质中的基因突变分析
    1.11 突变基因KEAP1 分析及PCR验证
2 结果
    2.1 根据WES分析三株细胞的突变情况
    2.2 肿瘤驱动突变基因和致癌信号通路上的突变情况
    2.3 三株细胞的共有突变基因分析
    2.4 三株细胞的特有突变基因分析
    2.5 HCC中 HUB基因的表达与病人预后关联分析
    2.6 三株细胞差异蛋白质中的基因突变分析
    2.7 突变KEAP1 基因分析和PCR验证
3 讨论
全文总结
参考文献
文献综述 肝癌的主要驱动基因与肿瘤
    综述参考文献
致谢
攻读学位期间发表的学术论文
参与的课题项目



本文编号：3822020