吸烟对肠道菌群及结直肠肿瘤发生的影响

发布时间：2023-07-25 02:20

　　研究目的:我国近年来结直肠癌发病率呈稳步上升趋势。目前亚太共识中已将吸烟这一因素列为需要加强结直肠癌筛查的危险因素之一。同时,另有文献指出,在正常人群中戒烟可使肠道菌群构成发生改变;以及在正常人群和炎症性肠病患者中,吸烟与不吸烟者之间肠道菌群构成不同。但现今,在结直肠腺瘤以及结直肠癌患者中,吸烟对于肠道菌群的影响仍不明确。综上,本课题拟对吸烟、肠道菌群及结直肠肿瘤之间的关系做进一步研究。研究方法:选取2016年7月至2017年6月间于××医院拟行结肠镜检查及拟行外科手术的男性患者,其中正常健康对照组20例、结直肠腺瘤组20例和结直肠腺癌组14例,每组中吸烟者与非吸烟者比例为1:1。收集其粪便标本和临床信息,抽提粪便基因组DNA后进行Illumina Miseq高通量测序,并行生物学信息分析,以研究各组间肠道菌群是否存在差异。研究结果:1、在肠道菌群丰富度及多样性方面,结直肠腺癌组较正常健康对照组和结直肠腺瘤组存在显著升高;而在吸烟组与非吸烟组之间,肠道菌群的丰富度和多样性均无差异。2、在组间物种差异分析中,从菌门至菌属水平,正常健康对照组和结直肠腺癌组之间肠道菌群丰度均发生了明显变化;...

【文章页数】：98 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
abstract
中文
    第一章 绪论
        1.1 研究背景
    第二章 研究内容与方法
        2.1 研究对象
            2.1.1 纳入标准
            2.1.2 排除标准
            2.1.3 标本收集
            2.1.4 信息采集
        2.2 主要试剂与仪器
            2.2.1 主要试剂
            2.2.2 主要仪器
        2.3 实验方法
            2.3.1 DNA抽提
            2.3.2 16SrDNA测序
        2.4 生物学信息分析
            2.4.1 Reads拼接质控和OTU聚类
            2.4.2 样本量分析
            2.4.3 α 多样性分析
            2.4.4 偏最小二乘法判别分析(PLS-DA)
            2.4.5 物种组成图
            2.4.6 组间显著性差异检验
            2.4.7 LefSe多级物种差异判别分析
        2.5 统计学方法
    第三章 研究结果
        3.1 研究对象一般情况
        3.2 数据优化质控
            3.2.1 Reads拼接质控和OTU聚类
            3.2.2 样本量分析
        3.3 HC-CRA-CRC组间肠道菌群差异分析
            3.3.1 α 多样性
            3.3.2 偏最小二乘法判别分析(PLS-DA)
            3.3.3 物种组成分析
            3.3.4 组间物种差异分析
            3.3.5 LefSe多级物种差异判别分析
        3.4 吸烟与非吸烟组间肠道菌群差异分析
            3.4.1 α 多样性
            3.4.2 偏最小二乘法判别分析(PLS-DA)
            3.4.3 物种组成分析
            3.4.4 组间物种差异分析
            3.4.5 LefSe多级物种差异判别分析
    第四章 分析讨论
英文对照
    Chapter Ⅰ Introduction
        1.1 Research Background
    Chapter Ⅱ Research Content and Method
        2.1 Research Subjects
            2.1.1 Inclusion Criteria
            2.1.2 Exclusion Criteria
            2.1.3 Specimen Collection
            2.1.4 Information Collection
        2.2 Main Reagents and Instruments
            2.2.1 Main Reagents
            2.2.2 Main Instruments
        2.3 Experimental Method
            2.3.1 DNA Extraction
            2.3.2 16SrDNA Sequencing
        2.4 Biological Information Analysis
            2.4.1 Reads Splicing and Quality Control and OTU Clustering
            2.4.2 Sample Size Analysis
            2.4.3 Analysis of Alpha Diversity
            2.4.4 Partial Least Square Discriminant Analysis (PLS-DA)
            2.4.5 Species Composition Diagram
            2.4.6 Significant Differences between Groups
            2.4.7 Linear Discriminant Analysis Effect Size (LefSe)
        2.5 Statistical Methods
    Chapter Ⅲ Research Results
        3.1 General Situation of the Research Subjects
        3.2 Data Optimization and Control
            3.2.1 Reads Splicing and Quality Control and OTU Clustering
            3.2.2 Analysis of Sample Size
        3.3 Analysis of Intestinal Microflora Differences among HC-CRA-CRC Groups
            3.3.1 Alpha Diversity
            3.3.2 Partial Least Square Discriminant Analysis (PLS-DA)
            3.3.3 Analysis of Micribial Composition
            3.3.4 Analysis of Microbial Differences between Groups
            3.3.5 Linear Discriminant Analysis Effect Size (LefSe)
        3.4 Analysis of Intestinal Microflora Difference between Smoking Group and Nonsmoking Group
            3.4.1 Alpha Diversity
            3.4.2 Partial Least Square Discriminant Analysis (PLS-DA)
            3.4.3 Analysis of Species Composition
            3.4.4 Analysis of Microbial Differences between Groups
            3.4.5 Linear Discriminant Analysis Effect Size (LefSe)
    Chapter Ⅳ Discussion
参考文献
致谢
攻读博士学位期间已发表或录用的论文



本文编号：3836978