G蛋白信号调节蛋白2在胰腺癌中作为预后标志物的鉴定及其调节机制的探索
发布时间：2023-09-28 23:37
目的:胰腺腺癌的高死亡率和诊断难度促使我们对该疾病有更深入的了解。探索G蛋白信号调节蛋白2(GPSM2)在胰腺癌中的预后价值及生理学作用机制。方法:从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中收集177例胰腺腺癌标本的测序数据及临床信息。然后分析GPSM2的表达与各临床、预后参数之间的关系。利用大数据分析胰腺癌肿瘤微环境中各成分的比例,探索其与GPSM2的相关性。构建稳定的低表达GPSM2的PANC-1细胞,并通过MTT、细胞周期和transwell迁移实验,探讨相应的生理学功能方面的变化。随后通过微阵列分析检测GPSM2沉默所造成的基因表达谱改变,将芯片数据应用于蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络进行比对和可视化。并使用qRT-PCR和Western blot验证GPSM2的下游基因。结果:与正常组织相比,胰腺癌组织中GPSM2过表达(P<0.001),且其表达与慢性胰腺炎史(P=0.004)、肿瘤T分期(P=0.033)、肿瘤TNM分期(P=0.045)以及肿瘤分化程度(P<0.001)之间有显著的相关。随后进行的单因素及多因素Cox...
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
abstract
中英文缩写一览表
绪论
第一章 生物信息学分析GPSM2 在胰腺癌中的作用
1.1 实验方法
1.1.1 TCGA以及GTEx数据的下载与整理
1.1.2 数据校正和提取
1.1.3 肿瘤微环境中基质和免疫浸润的评估
1.1.4 统计方法
1.2 结果
1.2.1 GPSM2 在胰腺癌及多种其他癌症中的表达变化
1.2.2 GPSM2 与胰腺癌中临床病理参数的关系
1.2.3 GPSM2 与胰腺癌预后的关系
1.2.4 GPSM2 与胰腺癌肿瘤微环境的关系
1.3 讨论
第二章 GPSM2 下调表达稳转细胞株的构建
2.1 实验材料
2.1.1 实验细胞
2.1.2 实验试剂
2.1.3 实验器材
2.2 实验方法
2.2.1 细胞培养和传代
2.2.2 细胞收集
2.2.3 慢病毒载体的构建
2.2.4 构建稳定低表达GPSM2 的细胞株
2.2.5 总RNA的提取
2.2.6 总RNA逆转录形成c DNA文库
2.2.7 实时荧光定量PCR检测基因mRNA表达
2.2.8 统计方法
2.3 结果
2.3.1 各胰腺癌细胞株中GPSM2 的表达
2.3.2 PANC-细胞中GPSM2 沉默效果评估
2.4 讨论
第三章 GPSM2对PANC-1 细胞生长、迁移的影响
3.1 实验材料
3.1.1 实验细胞
3.1.2 实验试剂
3.1.3 实验器材
3.2 实验方法
3.2.1 MTT增殖实验
3.2.2 流式细胞周期实验
3.2.3 Transwell迁移实验
3.2.4 统计方法
3.3 结果
3.3.1 GPSM2 表达的沉默降低了胰腺癌细胞的增殖
3.3.2 GPSM2 表达的沉默使细胞周期停滞在G2/M期
3.3.3 GPSM2 表达的沉默降低了胰腺癌细胞的迁移能力
3.4 讨论
第四章 GPSM2 在胰腺癌中的调节机制探索
4.1 实验材料
4.1.1 实验细胞
4.1.2 实验试剂
4.1.3 实验器材
4.2 实验方法
4.2.1 基因表达谱芯片杂交、洗染、扫描
4.2.2 芯片数据处理
4.2.3 蛋白质互作网络与关键基因分析
4.2.4 实时荧光定量PCR检测下游基因mRNA水平
4.2.5 Western blot检测下游基因蛋白质水平
4.2.6 统计方法
4.3 结果
4.3.1 芯片数据分析和差异表达基因的鉴定
4.3.2 PPI网络构建
4.3.3 GPSM2 对整合素信号通路的影响
4.4 讨论
第五章 结论与展望
参考文献
致谢
硕士攻读期间发表的文章
本文编号：3848842
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
abstract
中英文缩写一览表
绪论
第一章 生物信息学分析GPSM2 在胰腺癌中的作用
1.1 实验方法
1.1.1 TCGA以及GTEx数据的下载与整理
1.1.2 数据校正和提取
1.1.3 肿瘤微环境中基质和免疫浸润的评估
1.1.4 统计方法
1.2 结果
1.2.1 GPSM2 在胰腺癌及多种其他癌症中的表达变化
1.2.2 GPSM2 与胰腺癌中临床病理参数的关系
1.2.3 GPSM2 与胰腺癌预后的关系
1.2.4 GPSM2 与胰腺癌肿瘤微环境的关系
1.3 讨论
第二章 GPSM2 下调表达稳转细胞株的构建
2.1 实验材料
2.1.1 实验细胞
2.1.2 实验试剂
2.1.3 实验器材
2.2 实验方法
2.2.1 细胞培养和传代
2.2.2 细胞收集
2.2.3 慢病毒载体的构建
2.2.4 构建稳定低表达GPSM2 的细胞株
2.2.5 总RNA的提取
2.2.6 总RNA逆转录形成c DNA文库
2.2.7 实时荧光定量PCR检测基因mRNA表达
2.2.8 统计方法
2.3 结果
2.3.1 各胰腺癌细胞株中GPSM2 的表达
2.3.2 PANC-细胞中GPSM2 沉默效果评估
2.4 讨论
第三章 GPSM2对PANC-1 细胞生长、迁移的影响
3.1 实验材料
3.1.1 实验细胞
3.1.2 实验试剂
3.1.3 实验器材
3.2 实验方法
3.2.1 MTT增殖实验
3.2.2 流式细胞周期实验
3.2.3 Transwell迁移实验
3.2.4 统计方法
3.3 结果
3.3.1 GPSM2 表达的沉默降低了胰腺癌细胞的增殖
3.3.2 GPSM2 表达的沉默使细胞周期停滞在G2/M期
3.3.3 GPSM2 表达的沉默降低了胰腺癌细胞的迁移能力
3.4 讨论
第四章 GPSM2 在胰腺癌中的调节机制探索
4.1 实验材料
4.1.1 实验细胞
4.1.2 实验试剂
4.1.3 实验器材
4.2 实验方法
4.2.1 基因表达谱芯片杂交、洗染、扫描
4.2.2 芯片数据处理
4.2.3 蛋白质互作网络与关键基因分析
4.2.4 实时荧光定量PCR检测下游基因mRNA水平
4.2.5 Western blot检测下游基因蛋白质水平
4.2.6 统计方法
4.3 结果
4.3.1 芯片数据分析和差异表达基因的鉴定
4.3.2 PPI网络构建
4.3.3 GPSM2 对整合素信号通路的影响
4.4 讨论
第五章 结论与展望
参考文献
致谢
硕士攻读期间发表的文章
本文编号：3848842
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/zlx/3848842.html
最近更新
教材专著
