基于iTRAQ的低级别膀胱尿路上皮癌蛋白质组标志物定量表达谱分析及MRM验证

发布时间：2024-03-02 16:24

　　目的采用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,i TRAQ)分析-生物信息学-质谱多反应检测(multiple reaction monitoring,MRM)技术的联合策略,筛选并验证低级别膀胱尿路上皮癌(low grade bladder urothelial carcinoma,LBUC)的特异性尿液差异蛋白;应用Meta分析整合其他科研小组获得的BUC尿液差异蛋白,构建BUC尿液差异蛋白数据集;确定单一候选差异蛋白用于LBUC判别模型的应用标准并验证。方法分别收集健康志愿者和经病理检测确诊为LBUC患者的术前尿液标本,按比例混合后获得对照组(N组)和LBUC组(L组)的混合尿液标本各两例,采用i TRAQ技术对各组尿液标本进行蛋白质组标志物定量表达谱分析,找出两组间的尿液差异蛋白;经基因本体论(Gene Ontology,GO)分析和蛋白Pathway分析,挑选出与BUC发生发展、浸润转移相关的差异蛋白。应用MRM技术在N组和L组尿液(每组各5例独立标本)中验证上述蛋白,最终获得可信的...

【文章页数】：82 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1LBUC组与健康对照组比较的尿液差异蛋白火山图

-10-独特的肽段，约82%肽段由7～16个氨基酸组成，70%左右的蛋白分子量在10～70kD，其中大于100kD的蛋白占约20%，74%的蛋白质序列覆盖率大于5%。这些结果表明，数据符合进一步分析的要求。L1/N1、L1/N2、L2/N1、L2/N2被设置为比较组。以表达差异大....

图2LBUC尿液差异蛋白的GO富集分析

-15-1.2.2LBUC尿液差异蛋白的生物信息学分析1）LBUC尿液差异蛋白的GO功能富集分析生物信息学分析的GO富集分析将所有LBUC尿液差异蛋白分为三大类，即生物过程、细胞组分和分子功能，大部分尿液差异蛋白均参与了上述，如表4、表5和表6显示了差异蛋白显著富集（P<0.05....

图3LBUC尿液差异蛋白的KEGG通路富集分析

-16-图3LBUC尿液差异蛋白的KEGG通路富集分析

图4尿蛋白A1AT诊断膀胱癌的SROC曲线

-48-PAI1的Spearman相关系数是0.900，P=0.037，存在阈值效应，不宜直接进行合并。ANG的Spearman相关系数是0.657，P=0.156，不存在阈值效应，可直接进行合并。APOA1的Spearman相关系数是0.300，P=0.624不存在阈值效应，可....

本文编号：3917087