基于TCGA数据分析miR-520e与PRAP1的靶向关系及在A549细胞中的验证

发布时间：2024-03-16 15:07

　　目的:通过对TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库中非小细胞肺癌(Non-small cell lung cancer,NSCLC)相关高通量测序数据的分析,快速高效筛选出可能在肺癌组织中具有共表达关系的基因与microRNA(miRNA)。并采用体外实验方法,进一步验证所筛选基因与miRNA在A549肺癌细胞系中的表达情况和靶向关系,以及他们的差异表达对肺癌细胞增殖、迁移等功能的影响,为这些基因和miRNA在肺癌中作用机制的研究提供更多的参考与依据。方法:1.使用R语言软件包edgeR和DESeq2,对TCGA项目中所有NSCLC相关高通量测序数据进行分析,并使用WGCNA方法进行共表达分析,结合已知注释信息,筛选出目的基因及与之潜在共表达的miRNA;2.选用A549细胞进行体外实验,分别对目的基因、miRNA及其共同作用对细胞功能的影响进行验证,实验肺癌细胞共分为11组:不作任何处理和仅包括转染试剂的细胞分别设为Mock组和NC对照组,PRAP1组、PRAP1-NC组、siRNA组、mimics组、inhibitor组分别根据其名称添加对应的核酸试剂;根...

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【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
英文缩略词表
1 引言
2 材料与方法
    2.1 肺癌相关转录组数据分析方法
        2.1.1 数据清洗与标准化
        2.1.2 差异表达分析
        2.1.3 共表达分析
        2.1.4 公共数据库在线查询验证
    2.2 实验材料
        2.2.1 细胞来源
        2.2.2 实验器材
        2.2.3 实验试剂
        2.2.4 PCR引物序列
    2.3 细胞实验方法
        2.3.1 细胞培养
        2.3.2 实验细胞分组
        2.3.3 使用CCK-8实验检测细胞增殖活性
        2.3.4 使用Transwell实验检测细胞迁移能力
        2.3.5 使用流式细胞术检测细胞周期
        2.3.6 使用qPCR对细胞中目的基因与miRNA核酸定量检测
        2.3.7 使用Western印迹法检测蛋白表达
        2.3.8 双荧光素酶报告基因实验验证miRNA与mRNA的靶向关系
    2.4 统计方法
3 结果
    3.1 数据分析结果
        3.1.1 患者基本信息
        3.1.2 数据标准化与差异表达分析
        3.1.3 共表达分析结果
        3.1.4 miRNA数据库验证共表达目标区域
        3.1.5 选取进行实验验证的基因与miRNA
    3.2 PRAP1与miR-520e在A549细胞中的表达情况
        3.2.1 PRAP1与miR-520e共转染组mRNA qPCR定量高于其他共转染组及PRAP1组
        3.2.2 miR-520e mimics组miRNA qPCR定置高于其余各组
        3.2.3 PRAP1蛋白的表达与mRNA定量完全一致
    3.3 PRAP1与miR-520e对A549细胞功能的影响
        3.3.1 PRAP1 siRNA共转染两组细胞増殖活性高于其他共转染组
        3.3.2 PRAP1上调与miR-520e上调均使细胞迁移能力受到抑制
        3.3.3 PRAP1过表达使细胞期占比增多
    3.4 双荧光素酶报告基因检测
4 讨论
    4.1 共表达分析得到的多组肺癌相关基因和miRNA已得到实验验证
    4.2 miR-520e上调可以促进PRAP1在A549细胞中转录
    4.3 PRAP1上调,诱导A549细胞阻滞在G₁期
    4.4 PRAP1下调可使细胞的增殖活性降低
    4.5 PRAP1上调、miR-520e上调均可对A549细胞迁移能力进行抑制
    4.6 miR-520e对PRAP1的靶向作用
5 结论
参考文献
综述 基于R语言的转录组分析在肺癌及相关miRNA研究中的应用
    参考文献
个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果
致谢



本文编号：3929712