基于TCGA数据库的泛癌症DNA甲基化模式及TP53突变相关表观和转录整合分析

发布时间：2024-04-23 21:47

　　癌症是一种由细胞增殖异常引起的复杂疾病,具有细胞分化异常、持续存在的生长增殖信号、抵御细胞凋亡、转移和浸润的激活等生物学特征。由于癌症的复杂性、样本间甚至样本内异质性,其发生、发展机制目前仍不清晰。在癌症的发生、发展过程中往往伴随着驱动基因突变以及甲基化水平的变化等一些基因组不稳定性和表观遗传的改变导致正常细胞功能发生变化。因此,揭示癌症中基因组和表观遗传修饰对转录的调控,对于我们理解癌症的发生、发展的至关重要,为癌症的精准医疗提供理论依据。本研究旨在构建泛癌症中驱动基因突变、DNA甲基化以及其与基因表达之间的调控关系,揭示驱动基因突变和其相关的表观调控紊乱在癌症进程的潜在作用机制。基于TCGA数据库中常见的8种癌症类型的DNA甲基化芯片、全外显子测序以及转录组测序数据,通过对DNA甲基化数据进行层次聚类,对癌症进行亚分型并将亚分型结果与样本的临床表型以及分子特征进行关联分析。筛选出了与全局DNA甲基化水平相关的驱动基因突变,重点鉴定了TP53突变相关的差异DNA甲基化位点与差异表达基因,构建了TP53突变相关的DNA甲基化水平改变-基因差异表达的调控关系,具体研究结果如下:1、本研究...

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图1-1本文研究思路流程图

第一章绪论9图1-1本文研究思路流程图Fig.1-1Flowchartofthisresearch.

图2-1泛癌症样本DNA甲基化水平降维可视化

华南理工大学硕士学位论文14水平上都存在一定的差异，而且不同种类癌症间差异要显著大于同种癌症不同样本间的差异。乳腺癌、头颈癌、肝癌、肺腺癌四种癌症有部分样本在降维后的平面上距离较近，可能是因为乳腺癌和肺腺癌样本，包括肝癌、头颈癌的部分样本都是属于腺癌，这些样本的肿瘤细胞都来源于腺....

图2-2每种癌症基于DNA甲基化水平的亚分型和癌症亚型间的生存分析

第二章泛癌症中DNA甲基化与基因突变整合分析

图2-3乳腺癌中突变频率前10的驱动基因在样本间突变情况

第二章泛癌症中DNA甲基化与基因突变整合分析17不同亚型中存在显著差异，而这种差异可能与肿瘤样本间DNA甲基化水平异质性相关。以下我们将详细介绍各种癌症中的结果：乳腺癌中共筛选出了356个驱动基因，图2-3展示了突变频率前10的基因在样本中的突变情况。乳腺癌中突变频率最高的基因是....

本文编号：3962796