基于TCGA数据库筛选影响HCC患者预后的关键LncRNA

发布时间：2024-05-25 05:51

　　目的:肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是一种多在中晚期发现,死亡率高,患者预后极差的常见癌症。因此,我们的研究目的是分析HCC患者的lncRNA表达谱,筛选与HCC预后密切相关的潜在lncRNA,为寻找HCC预后生物标记物提供新思路。方法:在美国癌症肿瘤基因图谱数据库下载424例基因表达数据,其中包括374例肝癌组织及50例癌旁正常组织。利用Perl语言和R语言的limma包进行数据预处理。对纳入研究的患者利用Caret包随机分为训练集和测试集。采用edgeR包筛选差异表达的lncRNA,通过单因素COX回归分析、LASSO回归和多因素COX分析筛选出lncRNAs并构建预后模型,Kaplan-Meier生存分析、受试者工作曲线分析预后模型评估患者预后的能力;二分类逻辑回归建立诊断模型,受试者工作曲线分析评价诊断效能。风险评分与临床资料的相关性采用卡方检验进行分析;单因素和多因素COX回归分析进一步分析包括患者的预后风险评分和临床资料在内的各个因素与患者生存之间的相关性;配对差异分析明确AC007998.3的表达情况;Kaplan-Meier生存分析...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图3.1差异lncRNA火山图

15CharacteristicsTotal(%)HBVWithHBV137(37.74)WithoutHBV23(6.34)NA203(55.92)HepatitisCWithHCV22(6.06)WithoutHCV138(38.02)NA203(55.92)Formersm....

图3.2LASSO回归分析筛选候选的lncRNA（A）191个候选lncRNA的LASSO回归系数分布图；（B）10折交叉验证选择惩罚参数lambda

19图3.2LASSO回归分析筛选候选的lncRNA（A）191个候选lncRNA的LASSO回归系数分布图；（B）10折交叉验证选择惩罚参数lambda。Figure3.2ThecandidategenewerefurtherselectedusingLASSOregressi....

图3.313个lncRNA风险值分布、生存状态和表达谱热图（A）患者的风险值分布图；红色的点代表高风险患者，绿色的点代表低风险患者（B）患者的生存状态图；以虚线为界，左边为低风险组，右边为高风险组（C）患者的表达谱热图

21ADGRD1-AS1、AC016717.2、LINC01370、AC007998.3作为增加患者死亡风险的因素，其表达信号在高风险组患者中更强，其风险因子的表达情况与回归系数的正负表达的意义保持一致。图3.313个lncRNA风险值分布、生存状态和表达谱热图（A）患者的风险值....

图3.4训练集的Kaplan-Meier生存分析曲线

22Kaplan-Meier生存分析结果表明，高风险组的患者的平均生存时间是649天，3年生存率为0.3867（95%CI：0.2748-0.5442），五年生存率下降至0.2596（95%CI:0.1540-0.4375）。低风险组的患者的平均生存时间是3124天，三年生存率为....

本文编号：3981796