个体体细胞突变的等位基因频率揭示癌症相关基因特征

发布时间：2017-07-27 17:04

  本文关键词：个体体细胞突变的等位基因频率揭示癌症相关基因特征

  更多相关文章： 癌症 等位基因频率 进化 基因特征

【摘要】：近年来,得益于癌症基因组测序和相关分析技术的快速发展,越来越多的癌症相关基因特征被发现,比如驱动基因和乘客基因、原癌基因和抑癌基因。然而,现有的基于群体统计学的分析方法,不仅需要耗费巨大的人力物力,而且忽略了癌症个体间的异质性,也无法区分不符合分类规则的基因。本研究中,我们首次提出利用个体体细胞突变的等位基因频率揭示癌症相关基因特征。我们收集了50对微卫星稳定的原发结直肠癌样本,找出了5个驱动基因(TP53,APC,KRAS,SMAD4,PIK3CA),根据其等位基因频率推算的突变发生时间顺序与先前研究结果几乎一致。考虑到不同病人可能携带不同的驱动基因,我们结合基因的等位基因频率和COSMIC数据库找到了另外542个癌症相关基因,作为潜在驱动基因。通过比较发现,驱动基因和潜在驱动基因的等位基因频率均显著高于乘客基因的等位基因频率,说明存在一些等位基因频率较高、但未被鉴定为驱动基因的基因,也参与了结直肠癌的发生发展。此外,原癌基因的等位基因频率显著低于抑癌基因的等位基因频率。我们的研究结果表明,个体体细胞突变的等位基因频率不仅可以预测基因突变的时间顺序,而且可以用于寻找驱动基因、区分原癌基因和抑癌基因。
【关键词】：癌症 等位基因频率 进化 基因特征
【学位授予单位】：上海交通大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R730.2
【目录】：

• 摘要5-6
• Abstract6-9
• 第一章 绪论9-14
• 1.1 驱动基因和乘客基因9-11
• 1.2 原癌基因和抑癌基因11-12
• 1.3 本研究的出发点12-14
• 第二章 数据与方法14-21
• 2.1 数据14
• 2.2 外显子测序数据分析14-18
• 2.2.1 质量控制（Quality Control，QC）14-16
• 2.2.2 映射（Mapping）16-17
• 2.2.3 预处理（Preprocess）17
• 2.2.4 体细胞突变挖掘（Somatic mutation calling）17-18
• 2.3 样本均一性分析18-19
• 2.3.1 sciClone18
• 2.3.2 Mutational Signature Framework18-19
• 2.4 体细胞突变的影响评估19-20
• 2.5 鉴定驱动基因20
• 2.6 个体体细胞突变的等位基因频率20-21
• 第三章 结果21-34
• 3.1 样本均一性21-23
• 3.1.1 sciClone亚克隆分析21
• 3.1.2 Mutational Signature Framework特征分析21-23
• 3.2 体细胞突变23-24
• 3.3 驱动基因24-27
• 3.4 利用等位基因频率揭示突变发生时间顺序27-28
• 3.5 利用等位基因频率寻找驱动基因28-31
• 3.6 利用等位基因频率区分原癌基因和抑癌基因31-34
• 第四章 讨论34-36
• 参考文献36-39
• 附录39-65
• 附录1 核心参数39-59
• 附录2 原癌基因和抑癌基因列表59-65
• 致谢65-66
• 攻读硕士研究生期间发表（或录用）的学术论文66

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 郗春艳;卢瑶;麻宏伟;赵亚茹;赵云静;华天懿;;辽宁地区汉族人群BDNF基因单核苷酸多态性的研究[J];中国现代医学杂志;2008年21期

2 李焱;汤雪薇;吴洁莹;袁思敏;杨昕;黄以宁;廖灿;;广东汉族人群HLA-B基因多态性研究[J];中华医学遗传学杂志;2006年01期

3 冯秀丽;杨忠伟;梁晓安;肖白;;新疆不同民族血管紧张素转换酶基因多态性分析[J];解放军预防医学杂志;2008年06期

4 焦立新;杨帆;韩瑜;林乾飞;陈琳;;吉林汉族人群HLA-A高分辨基因的多态性分析[J];中国组织工程研究;2012年18期

5 贾海波;贾海鹰;施琳;;内蒙古地区鄂伦春族血管紧张素转换酶基因多态性分布[J];内蒙古医学杂志;2011年05期

6 王汉平,毛平,谢健晋,朱志刚;广州地区人群中硫嘌呤甲基转移酶基因的等位基因频率及分布[J];临床血液学杂志;2004年01期

7 邹焰;李宏彬;陆祥;陈伟;;贵州省水族人群XRCC1基因单核苷酸多态性及其组合型研究[J];贵州医药;2007年02期

8 杨善志,徐彬,杨辉,许岳慷,朱霖,张旭,叶文虎;安徽人群St14/Taq I RFLPs的研究[J];安徽医学;1997年06期

9 文革生,黄永坤,郝萍,戚勤,李海林,周丽芳,周立艳,余丽萍;昆明彝族人群HLA-DRB1、DQB1基因多态性[J];中华医学遗传学杂志;2004年05期

10 杜冉;潘速跃;陆兵勋;;中国汉族人群白细胞介素10启动子区基因多态性的等位基因频率[J];解剖学杂志;2006年06期

中国重要会议论文全文数据库 前9条

1 曲U，

本文编号：582439