PTPN11基因3’UTR短串联重复序列与肝细胞肝癌易感性关联研究及初步功能分析

发布时间：2017-08-27 13:10

  本文关键词：PTPN11基因3’UTR短串联重复序列与肝细胞肝癌易感性关联研究及初步功能分析

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【摘要】：目的:研究PTPN11(protein tyrosine phosphatase,non-receptor type 11)基因3'非翻译区(3'untranslated regions,3'UTR)的一个三核苷酸重复序列多态(rs199618935)与中国人群肝细胞肝癌(HCC)易感性的关联,并利用基因型-表型关联研究及生物信息学方法探讨该多态参与肝细胞肝癌发生的功能及意义。方法:(1)运用生物信息学工具筛选出PTPN11基因3'非翻译区内的多态,并从中选取一个具有潜在功能的短串联重复序列(STR)多态基因座(rs199618935)作为候选多态;(2)采用病例对照研究方法(705HCC病例和723正常对照),PCR扩增结合非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对候选多态(rs199618935)进行基因分型,Logistic回归统计分析基因多态位点与HCC的关联性;(3)运用Realtime PCR研究肝细胞肝癌组织、癌旁组织和肝癌细胞系(HepG2,Huh-7,Hep3B)中rs199618935多态与PTPN11表达量的基因型-表型关联;(4)构建含有12、14、15等位基因的报告载体,导入四种肝癌细胞系(HepG2,Huh-7,Hep3B和sk-Hep-1),通过双荧光素酶报告基因检测,进一步探讨基因型与表型关联;(5)运用生物信息学的方法预测rs199618935多态对PTPN11mRNA空间构象的影响。结果:(1)基因分型结果显示,位于PTPN11基因3'非翻译区的rs199618935位点具有较好的多态性,病例组和对照组中rs199618935位点的等位基因频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。(2)调整性别、年龄、吸烟、饮酒、HBV感染等主要风险因素后,运用Logistic回归分析的方法对实验数据进行统计分析,统计结果显示:个体带等位基因13/14或带等位基因15/16的基因型相对于带等位基因11/12的基因型患HCC风险性明显降低(OR=0.72,95%CI:0.59-0.88,P=0.00101;OR=0.51,95%CI:0.37-0.69,P0.0001);等位基因水平分析显示,与等位基因11/12相比,携带等位基因13/14或携带等位基因15/16的个体患HCC风险性明显降低(OR=0.63,95%CI:0.53-0.76,P0.0001;OR=0.46,95%CI:0.34-0.62,P0.0001)。基于HBV感染情况分层分析,结果显示HBV感染情况并不影响rs199618935多态与HCC易感性的阳性关联。(3)Real-time RT-PCR结果显示,癌旁组织中PTPN11 mRNA的表达量比肝癌组织高2.39倍。rs199618935位点基因型与其mRNA表达有关联,与12-12基因型组相比,14-14/14-15基因型组在肝癌组织和癌旁组织中的PTPN11 mRNA表达水平分别增高2.36倍和2.02倍。在三种肝癌细胞系(HepG2,Huh-7,Hep3B)中,与带有一个等位基因12的基因型为12-15的HepG2细胞系相比,具有14-14基因型的Huh-7和Hep3B细胞系中PTPN11的mRNA表达水平显著增加。(4)双荧光素酶报告基因检测结果显示,在四种肝癌细胞系(HepG2,Huh-7,Hep3B和sk-Hep-1)中,含有长等位基因(14、15)报告质粒的荧光强度均显著高于含有短等位基因(12)报告质粒的荧光强度。(5)生物信息学预测结果提示,rs199618935多态可能导致PTPN11 mRNA空间构象发生变化,从而影响PTPN11的表达。结论:(1)中国人群中rs199618935多态与肝细胞肝癌易感性存在显著关联;(2)HCC组织及癌旁组织中rs199618935多态与PTPN11表达量之间存在显著的基因型-表型关联;(3)rs199618935多态可能通过影响PTPN11的空间构象,从而调控PTPN11的表达,进而参与HCC发生。
【关键词】：PTPN11基因 3'非翻译区 rs199618935 短串联重复序列 肝细胞肝癌
【学位授予单位】：苏州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R735.7
【目录】：

• 摘要4-6
• Abstract6-9
• 引言9-11
• 材料与方法11-22
• 结果22-31
• 讨论31-33
• 结论33-34
• 论文创新点34-35
• 问题与展望35-36
• 参考文献36-40
• 综述40-59
• 参考文献48-59
• 附录59-69
• 缩略词表69-70
• 攻读硕士学位期间发表论文70-71
• 致谢71-72

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本文编号：745604