卵巢上皮性癌多药耐药与DNA甲基化关系的研究

发布时间：2017-09-09 12:21

  本文关键词：卵巢上皮性癌多药耐药与DNA甲基化关系的研究

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【摘要】：卵巢癌是严重威胁女性健康的疾病,死亡率居妇科恶性肿瘤之首。多药耐药是卵巢癌患者术后化疗失败主要原因,而DNA甲基化则是卵巢癌多药耐药调控的重要机制。因此,全面了解DNA甲基化对卵巢癌及卵巢癌多药耐药的调控机制对于卵巢癌治疗和预后具有重要意义。通过PUMMED数据库检索,本文共提取了27个与卵巢癌多药耐药调控显著相关的DNA甲基化基因,系统整合分析了这些基因甲基化水平改变对卵巢癌耐药的影响及其分子调控机制。在所有27个基因中,至少一半以上的DNA甲基化基因直接或间接的通过调控细胞凋亡信号通路响应耐药调控,说明该信号通路可能是DNA甲基化基因行使其耐药生物学功能的主要方式。另外,本文还综合分析了这27个卵巢癌耐药相关甲基化基因与临床恶性行为及预后的关系,结果表明上述基因主要与不良预后相关。综上,本文整合性分析了已报道的27个DNA甲基化基因与卵巢癌耐药之间的潜在关系,这对于我们深入了解DNA甲基化对卵巢癌耐药的调控,及卵巢癌治疗和提高卵巢癌的预后具有一定的指导意义。目的：通过综合已有研究和生物信息学分析整体性研究DNA甲基化对卵巢癌多药耐药的调控。方法：通过PUMMED数据库检索提取已报道的与卵巢癌耐药调控相关的DNA甲基化基因。通过DAVID,Coremine Medical及String等工具进行生物学过程富集与注释及基因/蛋白互作等生物信息学分析。结果：共筛选出27个与卵巢癌多药耐药调控显著相关的DNA甲基化基因,并系统整合了这些基因甲基化水平的改变对卵巢癌耐药的调控机制。蛋白互作结果显示这27个甲基化基因中至少有20个存在于蛋白互作网络中,说明它们存在彼此互作,在功能上具有相关性,可能作为一个整体参与卵巢癌耐药调控。其中PTEN与至少一半的其它基因存在直接互作,说明其在上述基因中可能具有核心调控功能。生物学过程富集与注释表明上述DNA甲基化基因大多与细胞凋亡显著相关,可能是这些基因参与卵巢癌多药耐药调控的重要途径。结论：本文从整体性角度初步解释了DNA甲基化基因与卵巢癌耐药之间的潜在关系,这对于我们深入了解甲基化基因对卵巢癌耐药的调控作用,及治疗卵巢癌和提高卵巢癌的预后具有一定的指导意义。目的：结肠腺瘤样息肉病基因APC属于肿瘤抑制基因。其基因的失活在卵巢癌的发生发展中发挥着关键的作用。许多研究讨论了关于APC基因甲基化与卵巢癌的关系,我们进行了meta分析更进一步确认APC基因与卵巢癌之间的关系。方法：我们使用一些搜索软件如PUBMED、EMBASE、Web of science及CNKI数据库搜索相关文献,纳入研究。并使用STATE11.01软件进行RR风险值、异质性及发表性偏倚的相关的统计学分析。结果：9篇文献被纳入该meta分析中,其中包括641个卵巢癌的病人及377个对照组病例。统计学结果表明：总病例组与总对照组OR=6.19,95%CI：4.08—9.41,P0.05。肿瘤组织与正常组织合并的OR=5.88,95%CI.3.662—9.450,P0.05。肿瘤组织与良性组织OR=6.99,95%CI：3.124—15.645,P0.05。结论：此结果表明APC基因的甲基化与卵巢癌之间有密切的关系。目的：本研究使用甲基化芯片检测多组卵巢组织基因组DNA的差异甲基化位点,并且采用基因通过富集分析的方法筛选出与卵巢癌多药耐药相关的差异生物学通路及其所包含的差异甲基化基因。方法：采用450K Infinium Methylation BeadChip芯片,检测54例卵巢上皮癌耐药组织、54例敏感组织、54例卵巢良性肿瘤和54例正常卵巢组织的差异甲基化位点获得卵巢上皮癌耐药组和敏感组Beta score值差异大于1倍的上调或下调的DNA。运用GO分析和Pathway通路富集等生物信息学方法分析差异表达DNA潜在的生物学功能和参与的信号通路。用QRT-PCR验证芯片结果,检测差异甲基化的表达情况,并分析差异甲基化基因表达水平与临床病理因素关系。结果：DNA芯片筛选出于卵巢上皮癌多药耐药相关差异化甲基化位点7263个差异化甲基化位点,其中涵盖2654个基因。耐药组织中甲基化程度较敏感组升高位点有6051个,基因2162个,甲基化程度较敏感组降低位点有1212个,基因452个,其中差异甲基化发生在启动子区的有1058个基因,发生在转录起始5'UTR区的基因有305个。生物信息学分析这些差异甲基化基因主要参与了肿瘤途径、黏附、雌激素信号通路、ECM-受体相互作用、P13K-AKT信号通路、ErbB信号通路、子宫内膜癌、白细胞跨内皮迁移、扩张性心肌病等信号通路。我们选取了差异显著的高甲基化基因PIK3R3和LAMA3做了QRT-PCR对芯片结果做了临床验证,PIK3R3和LAMA3基因表达耐药组较敏感组下调,扩大临床样本验证亦得到了一致的结果,其中PIK3R3和LAMA3基因在卵巢癌耐药组织中分别下调1.56倍、1.87倍,差异有统计学意义(P0.05)。结论：利用基因芯片筛选出了跟卵巢上皮癌多药耐药相关的差异的甲基化位点及基因,丰富了目前已知的跟耐药相关的靶基因数据。后期需要进一步研究差异甲基化基因参与卵巢上皮癌耐药发生的相关分子机制及其与临床各因素的关系。
【关键词】：DNA甲基化 卵巢癌 耐药 细胞凋亡 DNA甲基化 卵巢癌 耐药 生物信息学分析 卵巢癌 多药耐药 DNA甲基化 荟萃分析 DNA甲基化 卵巢癌 耐药 芯片 临床验证
【学位授予单位】：广西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R737.31
【目录】：

• 个人简历3-7
• 致谢7-8
• 中英文主要缩写略语列表8-9
• 第一章 DNA甲基化与卵巢上皮癌多药耐药及临床恶性行为的关系9-11
• 摘要9-10
• Abstract10-11
• 第二章 卵巢卵巢上皮癌多药耐药相关DNA甲基化基因及其生物信息学分析11-14
• 摘要11-12
• Abstract12-14
• 第三章 DNA甲基化基因APC与卵巢上皮癌关系荟萃分析14-16
• 摘要14-15
• Abstract15-16
• 第四章 卵巢上皮癌多药耐药运用全基因组DNA甲基化芯片筛选、鉴定及临床验证16-20
• 摘要16-18
• Abstract18-20
• 第一章 DNA甲基化与卵巢上皮癌多药耐药及临床恶性行为的关系20-38
• 前言20-21
• 1 卵巢癌耐药相关DNA甲基化基因的数据挖掘和耐药机制分析21-25
• 2 DNA甲基化基因与卵巢癌预后及卵巢癌耐药逆转25-30
• 3 结语30-31
• 参考文献31-38
• 第二章 卵巢卵巢上皮癌多药耐药相关DNA甲基化基因及其生物信息学分析38-48
• 前言38
• 1 研究方法38-39
• 1.1 基因检索38
• 1.2 对基因进行生物信息学分析38-39
• 2 结果39-43
• 2.1 DNA甲基化基因对卵巢癌多药耐药调控的综合分析39-40
• 2.2 生物学过程富集40
• 2.3 27个甲基化基因蛋白的互作分析40-43
• 3 讨论43-44
• 4 总结44-46
• 参考文献46-48
• 第三章 DNA甲基化基因APC与卵巢上皮癌关系荟萃分析48-60
• 前言48
• 1 材料与方法48-50
• 1.1 搜索方法和研究选择48-49
• 1.2 数据提取和质量评估49-50
• 1.3 统计方法50
• 2 结果50-52
• 2.1 研究特点及方法评估50-51
• 2.2 NOS的评价结果51-52
• 3 APC基因的甲基化和卵巢癌的Meta分析结果52-57
• 3.1 APC基因在各组之间的甲基化52-55
• 3.2 敏感性分析55
• 3.3 发表偏倚55-57
• 4 讨论57-59
• 参考文献59-60
• 第四章 卵巢上皮癌多药耐药运用全基因组DNA甲基化芯片筛选、鉴定及临床验证60-118
• 前言60
• 1 材料60-63
• 1.1 临床标本60-61
• 1.2 主要试剂61-62
• 1.3 实验仪器设备62
• 1.4 实验器材的处理62-63
• 2 实验方法和步骤63-68
• 2.1 组织样本DNA提取63-64
• 2.2 DNA定量,纯度及完整性检测64
• 2.3 DNA重亚硫酸盐转化64-66
• 2.4 芯片杂交、甲基化位点扫描及数据分析66
• 2.5 基因甲基化芯片的临床验证66-68
• 3 结果68-106
• 3.1 组织样本各临床病理资料对比分析结果68
• 3.2 基因组DNA纯度及完整度检测68-69
• 3.3 标本RNA纯度及完整度检测69
• 3.4 基因芯片69-89
• 3.5 结合SNP芯片结果筛选出SNP和DNA甲基化相关联的基因89-92
• 3.6 敏感组和耐药组间甲基化差异显著的基因PIK3R3、LAMA3、ITGB6、NCALD与卵巢癌临床各因素的关系92-104
• 3.7 PIK3R3及LAMA3在敏感组及耐药组中的临床验证104-106
• 4 讨论106-113
• 参考文献113-118
• 全文小结118-119
• 本课题创新之处119-120
• 本课题不足之处120-121
• 硕士学位攻读期间发表的论文121-122
• 附件122-130

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 车艳辞,姚勤,戴淑真,罗兵,王言奎;子宫内膜癌和卵巢上皮性癌PTEN基因突变及其蛋白表达的意义[J];中华妇产科杂志;2002年10期

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本文编号：820411