人类癌症转录组二代测序数据中融合基因的挖掘和数据库的构建

发布时间：2017-09-09 13:53

  本文关键词：人类癌症转录组二代测序数据中融合基因的挖掘和数据库的构建

  更多相关文章： 癌症 转录组测序 融合基因 结直肠癌

【摘要】：癌症是一种人类尚未攻克的慢性疾病。其起因十分复杂,除了患者遗传因素之外,还与环境、生活习惯和致癌物的接触等因素有关。癌症分子水平上的发生表现为原癌基因的功能获得性突变以及抑癌基因的功能丧失性突变导致的细胞异常增殖,癌症发展至一定阶段会入侵周围组织甚至通过血液或淋巴扩散至全身其他部位。目前已发现与人类相关的癌症多达100多种。根据流行病学的研究,癌症依然是全球高发病,其发病率与死亡率一直处于各种疾病之首。但是各种癌症的发病率和预后各不相同,并且在同种癌症的不同患者之间以及同一患者的肿瘤内部,其遗传物质依然存在着极大的差异性,这使得对癌症的致病机理和治疗方法的研究变得十分困难。研究表明,遗传物质的改变是癌症产生的原因,其中包括单核苷酸改变、小片段的插入和缺失以及染色体结构的改变。融合基因作为一种由染色体插入、缺失或者倒位引起的染色体结构异常,已经被证实是引发癌症的可能原因之一,如BCR-ABLl在慢性粒细胞白血病中的作用。但是仅仅依靠荧光原位杂交等技术对融合基因进行挖掘显然不能满足癌症异质性的特点。生物信息学分析技术和二代测序技术近年来迅速发展,被越来越广泛地应用到融合基因的检测中,由于它们精确度高、通量大,并且成本不断降低,极大促进了癌症基因组/转录组中融合基因的挖掘。因此在这一契机下,我们利用已经公布的人类多种癌症的转录组数据进行了融合基因的挖掘,在进行必要的质控和过滤之后,对结直肠癌进行了深入的研究,通过分析参与融合事件的基因的功能以及融合事件对基因结构的影响,寻找在癌症发展过程中真正起到驱动作用的融合基因,并尝试探寻这些融合基因的可能的致病分子机理。同时,我们构建了单纯利用二代测序数据进行挖掘的融合基因数据库,其中罗列了在各种癌症中比较普遍的融合基因,为癌症研究提供了潜在靶标。
【关键词】：癌症 转录组测序 融合基因 结直肠癌
【学位授予单位】：华东师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R730.4;R440
【目录】：

• 摘要6-7
• ABSTRACT7-12
• 第一章 绪论12-14
• 第二章 癌症二代测序数据中融合基因的研究14-27
• 第一节 人类癌症及其分子生物学概述14-19
• 第二节 融合基因在癌症中的作用19-22
• 第三节 二代测序技术概述22-24
• 第四节 二代测序技术在癌症研究中的应用24-26
• 第五节 本论文的研究意义26-27
• 第三章 癌症RNA-seq数据中融合基因的挖掘27-55
• 第一节 材料与方法27-35
• 一、癌症转录组数据集27-28
• 二、融合基因挖掘和数据库构建的技术路线28-29
• 三、融合基因数据挖掘和过滤29-31
• 四、融合基因的结构功能注释31-34
• 五、基因的KEGG、GO和InterPro富集功能注释34
• 六、融合基因的driver作用可能性预测34-35
• 七、数据库构建及网页设计35
• 第二节 结果与讨论35-53
• 一、结直肠癌RNA-seq数据中融合基因的挖掘35-44
• 二、癌症融合基因数据库的构建44-48
• 三、讨论48-53
• 第三节 结论53-55
• 一、结论53
• 二、本研究创新之处53-54
• 三、展望54-55
• 附录55-59
• 参考文献59-69
• 攻读硕士期间学术成果69-70
• 致谢70

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本文编号：820827