胃癌细胞中KLF4基因的表达及KLF4基因启动子区的生物信息学分析
发布时间：2017-09-24 00:37
本文关键词：胃癌细胞中KLF4基因的表达及KLF4基因启动子区的生物信息学分析
【摘要】：目的:Kruppel样因子4(Kruppel-like factor 4,KLF4)与多种肿瘤的发生及发展密切相关,在不同环境下其对肿瘤具有双重调节功能,KLF4基因既可以抑制转录过程又可以激活转录的发生,在肿瘤中既可以作为促癌因子又可能是抑癌因子。相应的,KLF4在不同肿瘤中的表达存在多样性,或发挥癌基因作用,或具备抑癌基因作用。在本研究中我们拟检测KLF4在人胃癌细胞系MKN-45及人正常胃黏膜上皮细胞系GES-1中的表达情况,并结合KLF4基因启动子区的生物信息学分析,预测胃癌发生过程中可能的转录调控因子,为深入研究其转录-调控机制提供研究基础。方法:选择人胃癌细胞株MKN-45及人正常胃黏膜上皮细胞株GES-1,提取细胞株RNA,逆转录成c DNA,采用实时荧光定量PCR方法分别检测以上两种细胞中的KLF4 m RNA表达水平;运用生物信息学方法获取KLF4基因基本信息、启动子序列ID,为克服单个软件的局限性,分别通过Promotor Scan、Patch、P-Match、Ali Baba2在线预测软件分析人KLF4基因启动子序列,预测人KLF4基因启动子区顺式作用元件及相关转录因子,最后利用基因表达谱数据库获取胃癌组织中异常表达的蛋白,结合转录因子结果筛选出人胃癌KLF4基因可能涉及的转录因子。结果:实时荧光定量PCR检测结果显示:KLF4m RNA在人胃癌细胞株MKN-45中的表达低于人正常胃黏膜细胞株GES-1中的表达(4.24±0.15 vs 6.66±0.23),差异具有统计学意义(p0.01)。通过对KLF4基因启动子区域的生物信息学分析,获得人KLF4基因ID:9314,定位于9q31,全长4915 bp,其m RNA ID:NM_004235.4,该基因启动子ID:HPRM23684,全长1319 bp。各软件分析KLF4启动子序列,其中Promotor Scan获得57个转录因子结合位点,涉及17个转录因子,包括ATF、EGR-1、GCF、H4TF1、MLTF、MT-I.6、Sp1等。Patch获得562个转录因子结合位点,涉及113个转录因子,包括AP-1、H4TF1、LEF-1、NF-1、Pax-5、SRF、SMAD-4等。P-Match参数设置为“减少错误率”时,获得18个转录因子结合位点,涉及9个转录因子,包括AP-4、ARP-1、ATF、NF-E2等;参数设置为“减少假阴性”时,获得295个转录因子结合位点,涉及25个转录因子,包括AP-4、ATF、CREB、NF-1、NF-E2、YY1等。Ali Baba2获得172个转录因子结合位点,涉及52个转录因子,包括AP-2、ATF、NF-1、Sp1、USF、YY1等。以上四种软件结果经汇总去重,共涉及183个转录因子。另外,通过在线基因表达谱数据库,获得胃癌中异常表达的蛋白共3249个,与上述183个转录因子作对比筛查,提示在人胃癌中可能参与KLF4调控的转录因子有17个,包括LEF-1、NF-1、Pax-5、SMAD-4、SRF、YY1等。结论:本研究检测提示在胃癌细胞MKN-45中KLF4呈低表达,生物信息学分析显示其表达可能受AP-1、AP-2、ATF、FXR、HIF-1、LEF-1、NF-1、Pax-5、RREB-1、SMAD-4、SP3、SRF、USF1、YY1等多种转录因子的调控,其中包括促进癌症发展的转录因子也包括某些具有抑癌作用的转录因子。
【关键词】：胃癌 KLF4 生物信息学 转录因子
【学位授予单位】：贵阳医学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R735.2
【目录】：
- 中文摘要4-6
- 英文摘要6-9
- 略缩词表9-10
- 0.引言10-13
- 1.材料与方法13-19
- 2.结果19-36
- 3.讨论36-40
- 4.结论40-42
- 参考文献42-46
- 综述46-54
- 参考文献51-54
- 作者简历54-55
- 致谢55-56
- 学位论文数据集56
【参考文献】
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1 张能;g，
本文编号：908384
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