miR-25与人食管鳞癌细胞侵袭与转移关系的研究及生物信息学分析

发布时间：2017-09-26 12:07

  本文关键词：miR-25与人食管鳞癌细胞侵袭与转移关系的研究及生物信息学分析

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【摘要】：目的:探讨mi R-25与人食管鳞癌细胞侵袭与转移的关系,并对其进行生物信息学分析,从而为后续mi R-25的功能研究提供线索。方法:通过转染人食管癌细胞系KYSE-150,EC109,造成mi R-25在细胞中表达抑制及过表达;通过q RT-PCR检测mi R-25在不同转染组间的表达差异,当组间表达差异具有显著统计学意义时再通过transwell细胞迁移实验、细胞侵袭实验以及划痕实验研究mi R-25不同表达情况下食管癌细胞侵袭转移能力的变化;应用在线靶基因预测软件Target Scan、Pic Tar、mi Randa、mi RTarbase预测mi R-25靶基因,结果取交集;基因功能通过在线软件Gene Ontology(GO)分析完成,并应用在线分析软件DAVID 6.7及mirfocus 3.0对预测靶基因集合进行功能富集分析和信号通路富集分析,进而应用在线软件STRING绘制mi R-25靶基因编码蛋白互作网络图,预测其下游调控蛋白。结果:转染后q RTPCR检测结果显示模拟物组mi R-25的表达水平明显高于阴性对照组(p0.05),抑制剂组mi R-25的表达明显低于阴性对照组(p0.05),mi R-25在食管鳞癌细胞中的过表达、高表达及低表达细胞模型构建成功。(1)KYSE-150细胞系实验结果:Transwell细胞侵袭实验显示模拟物组细胞穿透基质胶侵袭到下室的数量明显多于抑制剂组,差异具有统计学意义(p0.01),抑制组细胞穿透基质胶侵袭到下室的数量明显少于阴性对照组,差异具有统计学意义(p0.01);Transwell细胞迁移实验显示模拟物组细胞转移至下室的数量明显多于抑制组,差异具有统计学意义(p0.01),抑制剂组细胞转移至下室的数量明显少于阴性对照组(p0.01);划痕实验结果显示12小时后模拟物组划痕愈合程度明显优于抑制剂组,差异具有统计学意义(p0.01),抑制剂组划痕愈合程度明显劣与阴性对照组,差异具有统计学意义(p0.01);24小时后以上结果差异仍具有统计学意义(p0.05)。(2)EC109实验结果:mi R-25过表达组细胞侵袭转移结果与KYSE-150细胞系一致,而mi R-25低表达组细胞Transwell迁移、侵袭实验细胞计数与阴性对照组差异无统计学意义(p0.05)。(3)应用在线靶基因预测软件Target Scan、Pic Tar、mi Randa、mi RTarbase预测mi R-25靶基因,结果取交集得到54个预测靶基因,包括ZNF512B、ERC2、MIER3、DMXL1、EXOC5、PRKCE、PCDH11Y、PDS5B、LHFPL2、COL1A2等;基因功能分析显示预测靶基因主要富集在细胞代谢的调节过程、正向调节细胞代谢、细胞代谢的初始调节,等(p0.001);分子组分主要集中在蛋白质结合、蛋白连接酶结合、小分子共轭化合物连接酶结合,等(p0.001),唯一参与的细胞组分是细胞核(p=7.904е-03);信号通路富集分析显示mi R-25的靶基因显著富集在p53信号通路及肿瘤信号通路这两个与肿瘤密切相关的通路中;蛋白互作分析显示mi R-25预测靶基因的调控蛋白间存在复杂的相互关系,其中下游蛋白p53,MDM2和KAT2B起到关键性作用。结论:miR-25可以促进ESCC细胞的侵袭转移能力;抑制miR-25的表达对ESCC细胞侵袭转移能力的影响可能与ESCC细胞的分化程度有关:分化程度越低抑制作用越显著。预测靶基因TP53,MDM2和KAT2B可能是mi R-25的下游靶基因,它们编码的下游蛋白同其他相关蛋白相互作用构成的网络系统可能作用于细胞代谢、蛋白结合以及相关肿瘤通路,从而在肿瘤形成、发展及预后中起到关键性作用。
【关键词】：食管癌 microRNA-25 侵袭 转移 生物信息学分析
【学位授予单位】：石河子大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R735.1
【目录】：

• 摘要5-6
• Abstract6-9
• 英文缩略词表9-10
• 前言10-13
• 实验材料与方法13-23
• 1.实验材料13-14
• 1.1 实验细胞系13
• 1.2 主要试剂13
• 1.3 溶液配制13-14
• 2. 实验方法14-21
• 2.1 细胞复苏14
• 2.2 细胞培养14
• 2.3 细胞传代14
• 2.4 细胞保存14
• 2.5 细胞转染14-16
• 2.6 提取RNA16-17
• 2.7 反转录17-18
• 2.8 实时荧光定量PCR18-19
• 2.9 划痕实验19
• 2.10 细胞迁移实验19-20
• 2.11 细胞侵袭实验20
• 2.12 生物信息学分析20-21
• 3.统计学方法21-23
• 实验结果23-30
• 1.转染后mi R-25 在ESCC细胞系KYSE-150 及EC-109 中的表达水平23-24
• 2. mi R-25 促进ESCC细胞系KYSE-150 的侵袭与转移24-26
• 3. mi R-25 对EC细胞系KYSE-150 及EC109的侵袭转移能力的影响有差别26
• 4. mi R-25 的生物信息学分析26-30
• 讨论30-33
• 结论33-34
• 参考文献34-38
• 综述38-50
• 参考文献45-50
• 致谢50-51
• 作者简介51-52
• 导师评阅表52

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