多通路基因检测用于预测乳腺癌新辅助化疗疗效的研究

发布时间：2017-09-30 09:22

  本文关键词：多通路基因检测用于预测乳腺癌新辅助化疗疗效的研究

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【摘要】：乳腺癌是一种常见的恶性肿瘤疾病。它位居女性恶性肿瘤发病率的第一。临床上新辅助化疗作为治疗乳腺癌的一种手段越来越广泛应用。采用新辅助化疗可以缩小病灶,利于肿瘤切除及增加保乳手术机会。但是有部分患者对新辅助化疗不敏感,这需要多种潜在的指标对乳腺癌新辅助化疗的疗效进行预测将有效提高预测的准确性。本研究从浙江省肿瘤医院共收集到32例新辅助化疗前乳腺癌组织样本,根据化疗后的疗效分为两组,达到病理完全缓解(pCR)组和非病理完全缓解(NpCR)组。首先将3例乳腺癌患者新辅助化疗后达到pCR效果的化疗前样本和3例未达到pCR效果的样本进行多样本混合构建文库进行高通量测序。通过对测序结果分析,筛选出差异表达的基因,并将差异表达基因进行GO和KEGG功能富集。荧光定量分析目标通路基因在15例pCR和17例NpCR样本中的差异表达情况,结合年龄、雌激素受体水平、孕激素受体水平、HER2临床指标进行分析其相关性。对比TCGA数据库分析目标基因在971例乳腺癌组织样本中的表达水平,分析其总生存期和无病生存期,推测其和乳腺癌新辅助化疗敏感性的关系。研究发现,通过高通量测序,共获得出715条差异表达的基因,然后将筛选出来的差异表达基因进行GO和KFGG功能富集,得到PSMB10、UBD、UBE2C、UBE2S、CCL2、CCR1、CXCL10、CXCL11、IL2RG这9个与泛素介导的蛋白酶体水解途径,细胞因子和其受体间相互作用途径有关的差异表达基因。荧光定量结果显示,这9条基因在pCR和NpCR组织样本中的表达水平具有显著的差异性,在乳腺癌患者新辅助化疗后达到pCR组织样本中显著高表达。本课题为了验证在这32例乳腺癌组织样本中两条通路基因的表达量能否预测乳腺癌新辅助化疗疗效,我们建立一个了逻辑回归方程来预测。从TCGA数据库发现PSMB10、UBD、UBE2C、CXCL10、CXCL11、IL2RG高表达的患者的总生存期、无病生存期明显长于低表达的患者,预后较好。因此我们推测这9条基因高表达的乳腺癌患者可能更适合新辅助化疗治疗,达到较好的预后效果。以上结果显示这9个与泛素介导的蛋白酶体水解途径,细胞因子和其受体间相互作用途径有关的差异表达基因可以联合用于预测乳腺癌新辅助化疗的疗效。
【关键词】：乳腺癌 新辅助化疗 高通量测序 差异表达
【学位授予单位】：浙江理工大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R737.9;R440
【目录】：

• 摘要8-9
• Abstract9-13
• 缩略语13-14
• 第一章 文献综述14-21
• 1 新辅助化疗概论14
• 2 新辅助化疗的临床意义14-15
• 2.1 了解肿瘤对化疗药物的敏感性和化疗方案的合理性14
• 2.2 降低临床分期, 利于肿瘤切除及增加保乳手术机会14-15
• 2.3 杀灭或减少微转移灶, 提高病理缓解率15
• 2.4 防止远处转移15
• 3 新辅助化疗的疗效预测因子15-16
• 3.1 HER2基因与化疗效果15-16
• 3.2 ER表达与化疗效果16
• 3.3 Ki-67表达与化疗效果16
• 3.4 p53表达与化疗效果16
• 4 乳腺癌其他治疗方式16-17
• 4.1 手术切除16
• 4.2 放射治疗16-17
• 4.3 内分泌治疗17
• 5 乳腺癌的靶向治疗17-18
• 5.1 针对上皮生长因子受体（EGFR）的靶向治疗17
• 5.2 针对HER2的靶向治疗17-18
• 5.3 针对HER受体多靶点18
• 5.4 针对血管内皮生长因子（VEGF）的靶向治疗18
• 5.5 针对多靶点酪氨酸激酶抑制剂和其他靶向药物18
• 6 高通量测序技术的发展18-21
• 6.1 SOLiD测序技术19
• 6.2 454测序技术19
• 6.3 Solexa高通量测序技术19-20
• 6.4 RNA测序技术20-21
• 第二章 实验方案设计21-23
• 1 研究目的和意义21
• 2 研究主要内容21-23
• 第三章 材料与方法23-33
• 1 材料23-26
• 1.1 样本收集和信息整理23-24
• 1.2 实验仪器24
• 1.3 实验试剂24-26
• 2 方法26-33
• 2.1 乳腺癌组织RNA提取26-27
• 2.2 总RNA的定量和质量检测27
• 2.3 转录组表达谱测序27-28
• 2.4 乳腺癌穿刺样本转录组表达谱测序结果分析28
• 2.5 基因表达的定量分析28-32
• 2.5.1 特异性引物的设计28-30
• 2.5.2 cDNA第一链的合成30
• 2.5.3 Real-Time PCR30-31
• 2.5.4 数据的处理及分析31-32
• 2.6 对比TCGA数据库分析两条通路基因32-33
• 第四章 结果和分析33-56
• 1 组织样本总RNA的质量分析33-34
• 2 高通量测序结果及数据分析34-43
• 2.1 高通量测序获得的原始数据质量基本统计34-35
• 2.2 高通量测序Reads质量的预处理35-36
• 2.3 高通量测序基因组mapping率统计36-38
• 2.4 高通量测序结果mapping随机性分析38
• 2.5 基因表达差异分析38-40
• 2.6 差异表达基因的GO分析40-41
• 2.7 KEGG PATHWAY富集分析41-43
• 3.有差异性表达的两条通路基因筛选43
• 4.荧光定量PCR43-56
• 4.1 引物特异性的验证与分析43-45
• 4.2 乳腺癌新辅助化疗后pCR和NpCR组织样本中通路基因的差异性分析45-52
• 4.2.1 两条通路基因在乳腺癌患者接受NACT治疗后达到p CR和NpCR疗效的化疗前样本中表达水平的差异性分析。45-47
• 4.2.2 两条通路基因在激素受体表达水平的差异性分析47-49
• 4.2.3 两条通路基因在HER2水平上的乳腺癌患者接受NACT化疗前组织样本中表达水平的差异性分析。49-50
• 4.2.4 两条通路基因在不同患病年龄组上的乳腺癌患者组织中表达水平的差异性分析50-52
• 4.3 建立两条通路基因预测乳腺癌NACT疗效的回归方程52
• 4.4 对比TCGA在线数据库cBioportal分析两条通路基因52-56
• 第五章 讨论56-58
• 第六章 总结与展望58-60
• 致谢60-61
• 研究生学习期间主要成果61-62
• 参考文献62-70

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1 杨柯君;;什么是新辅助化疗[J];上海医药;2012年08期

2 管卫华,龙英,郁宝铭;新辅助化疗研究进展[J];国外医学(肿瘤学分册);2001年03期

3 高伟生;梦鹏飞;陈刚;;Ⅲ期非小细胞肺癌新辅助化疗的研究进展[J];中国医学文摘(肿瘤学);2002年04期

4 王怀碧;几种恶性肿瘤新辅助化疗进展[J];重庆医学;2003年05期

5 张学宪,梁庆正,吴晓明;新辅助化疗治疗Ⅲ期非小细胞肺癌62例报告[J];中国肺癌杂志;2003年04期

6 李坚,俞力超,王蓉芳,吴建农,丁明,张德厚;新辅助化疗对Ⅲ期非小细胞肺癌病理改变的作用及预后的影响[J];中国肺癌杂志;2003年05期

7 邹强;局部进展期乳腺癌的新辅助化疗长期效果[J];国外医学.外科学分册;2003年02期

8 王深明,张国淳,吴惠茜,黄雪玲,朱彩霞;新辅助化疗对局部进展期乳腺癌的临床疗效以及细胞和血管组织学的影响[J];岭南现代临床外科;2003年04期

9 张晓明;Ⅲ期可手术乳腺癌新辅助化疗的近期和远期效果[J];实用癌症杂志;2004年03期

10 彭忠民,陈景寒,王潍博,王晓航;新辅助化疗加手术对Ⅲ期非小细胞肺癌患者预后的影响[J];中国肿瘤临床;2004年15期

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1 彭忠民;刘奇;;新辅助化疗对Ⅲ期非小细胞肺癌患者预后的影响[A];第四届中国肿瘤学术大会暨第五届海峡两岸肿瘤学术会议论文集[C];2006年

2 顾雅佳;冯晓源;邱龙华;彭卫军;杨文涛;费菲;陈灿敏;唐峰;毛健;邵志敏;;磁共振弥散对局部进展期乳腺癌新辅助化疗疗效评价的初步研究[A];第四届中国肿瘤学术大会暨第五届海峡两岸肿瘤学术会议论文集[C];2006年

3 王蓓;傅健飞;洪中武;;104例局部晚期乳癌新辅助化疗的临床观察[A];肿瘤化学治疗新进展学习班资料汇编[C];2007年

4 张秋月;孟化;;新辅助化疗与辅助化疗在治疗可切除的进展期胃癌中的生存分析[A];第9届全国胃癌学术会议暨第二届阳光长城肿瘤学术会议论文汇编[C];2014年

5 郑建华;;新辅助化疗在妇科肿瘤中的应用[A];东北三省第四届妇产科学术会议论文汇编[C];2008年

6 马丁;;宫颈癌新辅助化疗[A];中华医学会第十次全国妇产科学术会议妇科肿瘤会场（妇科肿瘤学组、妇科病理学组）论文汇编[C];2012年

7 唐美洁;;老年晚期乳腺癌新辅助化疗的临床护理与探讨[A];2011年老年护理安全管理学术交流会暨高级研修班论文集[C];2011年

8 张文莹;孙晓文;;1例乳腺癌新辅助化疗诱发糖尿病的术后护理体会[A];“河南省肿瘤专科护士职业安全防护及新技术交流”学术会论文集[C];2011年

9 莫庆玉;;乳腺癌新辅助化疗100例的观察及护理[A];中华护理学会全国肿瘤护理学术交流暨专题讲座会议论文汇编[C];2010年

10 彭忠民;刘奇;;耐药相关基因表达对Ⅲ期非小细胞肺癌新辅助化疗的临床预测[A];第四届中国肿瘤学术大会暨第五届海峡两岸肿瘤学术会议论文集[C];2006年

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1 余志平;辅助治疗和新辅助化疗具有重要作用[N];中国医药报;2005年

2 宋奇思;治实体瘤先用新辅助化疗[N];健康报;2007年

3 北京同仁医院外科主任医师 肖晖 李新萍整理;新辅助化疗为乳癌患者赢得手术机会[N];健康报;2009年

4 驻京记者 贾岩;NC动摇NSCLC辅助化疗地位[N];医药经济报;2010年

5 崔大涛;新辅助化疗——重塑乳腺癌治疗模式[N];中国医药报;2004年

6 ;可手术NSCLC的化疗及其争议[N];中国医药报;2003年

7 李新萍;新辅助化疗为晚期乳腺癌患者带来手术机会[N];中国医药报;2009年

8 王杰军 许青;乳腺癌新辅助化疗发展概要[N];科技日报;2001年

9 吴志;新辅助化疗+靶向治疗“狙击”乳腺癌[N];中国医药报;2009年

10 ;恶性胸膜间皮瘤行胸膜外肺切除术后：可否实施新辅助化疗[N];医药经济报;2004年

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1 金广超;新辅助化疗方案对乳腺癌生物学因子的影响[D];山东大学;2015年

2 李雄;宫颈癌新辅助化疗敏感性预测因素分析[D];华中科技大学;2015年

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4 陈盛;乳腺癌新辅助化疗后残留肿瘤自噬及其与患者预后的相关性[D];复旦大学;2012年

5 何海飞;蛋白质指纹图谱在乳腺癌个体化新辅助化疗中的应用[D];浙江大学;2011年

6 尹波;乳腺癌新辅助化疗的MRI研究[D];复旦大学;2010年

7 汪晓红;磁共振功能成像评价乳腺癌新辅助化疗疗效的临床应用研究[D];复旦大学;2009年

8 刘洪涛;进展期胃癌综合治疗中FOLFOX7新辅助化疗的作用[D];第二军医大学;2007年

9 彭忠民;Ⅲ期非小细胞肺癌骨髓微转移与新辅助化疗的关系探讨[D];山东大学;2004年

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1 许雨虹;新辅助化疗对局部晚期鼻咽癌自适应放疗的影响[D];福建医科大学;2015年

2 牟怡;ATP-TCA在乳腺癌新辅助化疗药物筛选中的应用[D];遵义医学院;2015年

3 刘国栋;乳腺癌新辅助化疗XEC与FEC和TEC方案的疗效及毒性对比分析[D];广西医科大学;2015年

4 贾巍;乳腺癌ET方案新辅助化疗前后分子生物学指标变化的分析[D];河北医科大学;2015年

5 桑蝶;Ki67与乳腺癌临床病理特征及新辅助化疗疗效的相关性[D];北京协和医学院;2015年

6 陈萌;乳腺癌新辅助化疗前后Ki-67变化的临床意义[D];河北医科大学;2015年

7 陈航航;FOXP3~+Tregs对乳腺癌新辅助化疗效果的预测价值[D];郑州大学;2015年

8 张子敬;乳腺癌新辅助化疗的病理学指标及动态增强核磁共振研究[D];复旦大学;2013年

9 刘海波;乳腺癌新辅助化疗后患者对丙泊酚敏感性的研究[D];宁夏医科大学;2015年

10 李俊勇;新辅助化疗对浸润性膀胱癌术后生存影响的Meta分析[D];兰州大学;2015年

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