基于混合ERGM模型的CTC细胞基因聚类分析

发布时间：2020-12-07 00:04

　　生物与互联网数据的结合推动了医学界的发展,癌症和肿瘤的些许案例取得了突破性的进展,为人类社会带来了巨大的福祉。国内外掀起了研究生物统计的热潮。研究胰腺循环肿瘤细胞在生物学上有极大意义。此外,在生物学意义上,许多癌症患者缺乏前期风险诊断,但是癌症有多种风险种类。而对于同种癌症的不同种分型给予相同的治疗方案和临床疗法会得到完全不同的疗效反应。从而揭示了即使同种癌症的同一种风险评级分类也或许会存在潜在的分子层面的不同。本文的主要内容是在所获取的胰腺循环肿瘤细胞基因芯片的基础上,利用改进过的社会网络指数随机图模型进行聚类分析和研究。在胰腺癌的研究过程中发现,循环肿瘤细胞,即Circulating tumor cells(CTCs),可导致恶性肿瘤发生远端转移及复发,为了研究不同细胞下面的基因的差异表达以及细胞间异质性对于基因功能表达的干扰,尤其是研究胰腺循环肿瘤细胞下的基因在导致胰腺癌的过程中扮演了何种角色,我们利用了混合社会网络指数随机图模型结合了细胞间异质性进行聚类分析,并且筛选出了不同细胞间的差异基因,得到胰腺循环细胞、癌细胞、肿瘤细胞、白细胞四类细胞下的对比得到的差异基因所在的类别,就... 

【文章来源】：青岛大学山东省

【文章页数】：42 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

无监督层次聚类

青岛大学硕士学位论文来自 MEF，NB508 胰腺癌细胞系和正常 WBC 的单细胞转录组紧密聚集，支持RNA-seq 策略的分析可靠性。鉴定了候选 CTC 的三种不同的聚类模式，所有这些聚类模式都与匹配的原发性肿瘤序列和癌细胞系不同。主成分分析显示了这些不同群体的聚类和相互关系图 3.2。

图 3.2 单细胞样品的主成分分析从以上聚类图我们可以看出，不同细胞下的基因聚类类别不同，我们的七类细胞为原发性胰腺肿瘤细胞 Tumor 和癌细胞系 NB508 中、胚胎成纤维细胞 MEF和正常白细胞 WBC、经典 CTC 细胞 CTC-c、非经典 CTC 簇（叶状肿瘤细胞 CTC-plt和 CTC-pro）。细胞是由基因表达的差异性导致的聚类结果的不统一，为了进一步研究基因之间的表达，我们筛选出具有影响力的前 500 个基因，细胞包含的基因排序如下图 3.3。


本文编号：2902240