基于Bagging Dtrace模型的基因差异网络分析

发布时间：2020-12-26 01:33

　　不同病理状态下的基因调控网络模式发生改变,表明其对应的基因连接关系已改变。本文尝试寻找那些连接关系改变的关键基因,以区分不同亚型的癌症。从研究历史文献发现,通常采用直接法和间接法来估计差异网络。当考虑到时间花度和预测精度时,我们一般选择直接估计法。由于样本数据较少,因而,这些差异网络估计法可能未能充分的利用其样本信息。基于此,文本提出采用Bagging算法集成直接估计法来估计差异网络,通过有放回的采样,增加了数据的多样性以及对数据的充分利用。在模拟数据上,将本文提出的模型与Dtrace模型进行对比分析,模拟实验结果显示本文提出的模型比Dtrace模型效果更优。在真实数据集分析,将我们的方法应用到不同亚型乳腺癌基因表达数据的分析上,采用稳定性选择算法选择调优参数,最后模型确定了5个关键基因。通过调查研究文献发现,本文找到的5个关键基因对区分不同亚型的乳腺癌有非常重要的作用。 

【文章来源】：华中师范大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：33 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１：对差异网络的间接估计与直接估计，间接估计是分别计算两个差异网络，再来计算最后差??异网络；直接估计是直接计算得到一个差异网络??

选择变量方面的效果较差。而Ｌａｓｓｏ的提出，则克服了以上方法的不足。??Ｌａｓｓｏ是通过加入对各系数的Ａ范数惩罚，使系数向量产生稀疏，从而达到??变量选择的作用。通过图形直观理解见图２丨１７］，用红色环线表示目标最小二乘函??５??

在数据推动下，本文将不同病理状态下的基因表达数据与静态基因调控网络??数据有机结合，构建了新的差异网络分析模型一一应用Ｂａｇｇｉｎｇ?Ｄｔｒａｃｅ模型推断??基因差异网络，模型结构见图３。本章将详细介绍Ｂａｇｇｉｎｇ算法应用到差异网络推??断以及参数选择中，本文的算法的整体框架如算法３所示：??１２??


本文编号：2938775