基于群体数据的基因定位关联分析方法研究与应用

发布时间：2021-07-14 15:09

　　全基因组关联分析能够识别大量与复杂疾病有关的常见变异,然而这些常见变异仅解释了小部分的疾病遗传力,有证据表明罕见变异能够解释大部分疾病遗传力。鉴于罕见变异的次等位基因频率很低,常见变异关联分析方法对于罕见变异来说并不是最优的。因此,罕见变异关联分析成为近些年研究的焦点。另外,在复杂疾病中,基因多效性（一个基因变异对于多个性状的影响）是普遍存在的现象,联合分析多重性状能够提高识别具有多效性的基因变异的统计功效,发现潜在的遗传机制。因而,越来越需要发展功效高的方法联合分析多重性状。本论文主要基于群体数据进行基因变异与单个性状或多重性状的关联分析研究。首先,提出一种基于Fisher结合P值的方法检验罕见变异与单个数量性状的关联性。对基因区域内的每个罕见变异进行计分检验,得到检验的P值。根据每个罕见变异与数量性状的相关性合理区分罕见变异效应的方向。针对不同方向,按照Fisher结合P值的方式,对关联信号强的罕见变异的P值进行加权组合,权重依赖于次等位基因频率和每个变异与性状的协方差。模拟研究表明当基因区域包含大量非致病变异时,该方法保持较高功效。其次,给出一种基于逆回归模型的自适应结合P值的方... 

【文章来源】：哈尔滨工业大学黑龙江省 211工程院校 985工程院校

【文章页数】：103 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第1章 绪论
    1.1 课题的研究背景及意义
    1.2 关联分析方法的研究现状
        1.2.1 罕见变异关联分析方法的研究现状
        1.2.2 基于多重性状的关联分析方法的研究现状
    1.3 遗传分析研讨会介绍
    1.4 本文的主要工作
第2章 基于Fisher结合P值的罕见变异和单个数量性状的关联分析方法
    2.1 引言
    2.2 罕见变异与数量性状的关联分析方法
    2.3 模拟研究
        2.3.1 基于线性模型的模拟设计
        2.3.2 比较方法和模拟结果分析
    2.4 本章小结
第3章 基于逆回归模型的罕见变异和多重性状的关联分析方法
    3.1 引言
    3.2 罕见变异与多重性状的关联分析方法
    3.3 模拟研究
        3.3.1 基于因子模型的模拟设计
        3.3.2 比较方法和模拟结果分析
    3.4 本章小结
第4章 利用降维的方法进行基因变异与多重性状的关联分析
    4.1 引言
    4.2 罕见变异和常见变异与多重性状的关联分析方法
    4.3 模拟研究
        4.3.1 基于因子模型的模拟设计
        4.3.2 模拟结果分析
    4.4 真实数据分析
    4.5 本章小结
结论
参考文献
攻读博士学位期间发表的论文
致谢
个人简历


【参考文献】：
博士论文
[1]基因变异关联分析的统计方法研究与应用[D]. 周亚晶.哈尔滨工业大学 2016



本文编号：3284381