猪横纹肌高表达新基因的克
发布时间：2021-10-07 09:33
随着人们生活水平的提高，人们对猪肉品质的要求也越来越高，如何提高肉质是当前畜牧业发展的主要任务之一。而以往的研究大都集中在肉质的表观指标的分析以及屠宰后肉品的加工上，而对影响肉质好坏的分子机理研究较少。因此，研究影响肉质的分子机理是非常重要的，特别是研究肌纤维的形成及其组成的分子机理，不仅可以帮助人们了解动物肌肉生长发育的一般模式，而且可以从动物生长发育过程中，从肌肉的形成开始，通过适当的途径调控肌肉生长来改善肉质。本研究利用生物信息学与分子生物学技术相结合的方法，在猪中克隆和定位了四个在横纹肌中高表达的基因，并作了一些初步的功能研究与预测，取得了如下结果：1．结合猪EST数据库的信息和cDNA末端快速扩增（RACE）的方法，鉴定了猪ANKRD2基因的全长cDNA序列，并得到了ANKRD23和ASB15两个基因的部分cDNA序列。同时利用生物信息学方法对ANKRD2，ANKRD23，ASB15三个基因的CDS全长序列进行了分析，推导其氨基酸序列和可能的功能域，为进一步研究基因的功能奠定了基础。2．利用体细胞杂种板（SCHP）和辐射杂种板（IMpRH）对ANKRD1，ANKRD2，ANK...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：78 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
1 文献综述
1.1 研究问题的由来
1.2 猪肌肉品质的相关研究
1.2.1 肌纤维性状及其与肉质的关系
1.2.2 影响肉质的其他主要性状
1.2.2.1 pH值(pH value)
1.2.2.2 肉色(meat color)
1.2.2.3 嫩度(tenderness)
1.2.2.4 系水力(water-holding capacity,WHC)
1.2.2.5 风味(navor)
1.3 猪肌肉品质相关候选基因研究进展
1.3.1 肌纤维生长发育候选基因的研究进展
1.3.1.1 MyoD家族
1.3.1.2 肌肉生长抑素(Myostatin)
1.3.1.3 钙蛋白抑制蛋白(CAST)
1.3.2 其他相关候选基因的研究进展
1.3.2.1 氟烷基因
1.3.2.2 酸肉基因
1.3.2.3 影响肌内脂肪含量的基因
1.4 基于EST的新基因分离方法
1.4.1 依据
1.4.2 表达序列标签(EST)
1.4.3 基因的电子克隆
1.5 研究的四个基因的进展
1.5.1 MARPs(肌肉锚定重复蛋白家族)
1.5.1.1 ANKRD1(锚定重复蛋白1)
1.5.1.2 ANKRD2(锚定重复蛋白2)
1.5.1.3 ANKRD23(锚定重复蛋白23)
1.5.2 ASB15(Ankyrin repeat and SOCS box protein 15)
2 研究的目的和意义
3 材料与方法
3.1 材料
3.1.1 组织样品
3.1.2 DNA样品
3.1.3 主要试剂
3.1.4 主要试剂的配制
3.1.5 菌株
3.1.6 酶和试剂盒
3.1.7 主要仪器设备
3.1.8 主要分子生物学软件、统计软件和相关网站
3.2 方法
3.2.1 候选基因的克隆方法
3.2.1.1 EST-重叠群的构建
3.2.1.2 引物设计
3.2.1.3 PCR扩增条件
3.2.1.4 PCR产物的纯化、克隆和测序
3.2.3 用RACE方法获取ANKRD2基因的全长cDNA
3.2.4 基因染色体定位的SCHP和IMpRH法
3.2.4.1 引物设计
3.2.4.2 PCR扩增分型方法
3.2.4.3 数据分析方法
3.2.5 基因组织表达谱与时期表达谱研究
3.2.5.1 总RNA的提取及检测
3.2.5.2 反转录反应(RT-PCR)
3.2.5.3 半定量PT-PCR进行表达谱分析
3.2.5.4 通过Real-time Q-PCR进行时期表达谱分析
3.2.6 基因的多态性检测方法
3.2.6.1 PCR反应
3.2.6.2 RFLP方法
3.2.7 基因多态性与性状的关联分析方法
3.2.8 肌纤维性状测定
4 结果
4.1 基因的克隆与eDNA全长获取
4.1.1 RT-PCR扩增的结果
4.1.2 猪ANKRD2基因cDNA与氨基酸序列分析结果
4.1.3 猪ANKRD23基因cDNA与氨基酸序列分析结果
4.1.4 猪ASB15基因cDNA与氨基酸序列分析结果
4.2 基因的染色体定位结果
4.2.1 染色体区域定位结果
4.2.1.1 ANKRD1基因染色体区域定位结果
4.2.1.2 其它基因染色体区域定位结果
4.2.2 精细定位结果
4.3 基因的组织表达谱与时期表达谱结果
4.3.1 ANKRD1基因的组织表达谱结果
4.3.2 ANKRD2基因的组织表达谱与时期表达谱结果
4.3.2.1 半定量RT-PCR的方法进行表达谱分析
4.3.2.2 通过Real-time Q-PCR进行时期表达谱分析
4.3.3 ANKRD23基因的组织表达谱与时期表达谱结果
4.3.4 ASB15基因的组织表达谱与时期表达谱结果
4.4 猪ANKRD2基因遗传多态性检测分析结果
4.4.1 ANKRD2基因两个位点的多态性检测
4.4.2 遗传变异检测结果
4.4.3 基因在不同猪群中的多态性分析结果
4.5 猪ANKRD2的遗传变异与部分经济性状的关联分析结果
4.6 通城猪肌纤维形念测定结果及与其ANKRD2基因的关系研究
4.6.1 通城猪肌纤维形态测定结果
4.6.2 ANKRD2基因多态性检测分析结果
5 讨论
5.1 关于基因的全长获取及分析
5.2 关于四个基因的物理定位结果
5.3 关于基因的组织及时期表达谱
5.3.1 通过半定量RT-PCR的方法研究基因的组织及时期表达谱
5.3.2 通过Real-time Q-PCR进行时期表达谱
5.4 关于ANKRD2基因的多态检测及性状关联分析
5.4.1 ANKRD2基因第五外显子的多态检测及性状关联分析
5.4.2 ANKRD2基因第八外显子的多态检测及性状关联分析
5.5 关于肌纤维形念研究
6 小结
6.1 本研究获得的结果
6.2 本研究的创新点
6.3 本研究不足之处及下一步值得研究的工作
参考文献
附录1 缩略词表
附录2 主要性状的中英文对照和缩写
附录3 ANKRD2基因的mRNA序列
附录4 ANKRD23基因的部分mRNA序列
附录5 ASB15基因的部分mRNA序列
在读期间发表(待发表)论文题录
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]猪肌纤维发育及其与肉质的关系[J]. 刘居鹏,单安山,彭济昌. 中国饲料. 2006(16)
[2]猪肉基因(组)研究进展及相关问题探讨[J]. 朱猛进,刘榜,李奎. 遗传. 2005(01)
[3]猪肉品质与遗传特性[J]. 李婉涛. 中国食品学报. 2004(03)
[4]导致猪肉系水力下降的主要因素及防制措施[J]. 杨明升,刘红林,王林云. 畜牧与兽医. 2002(07)
[5]草鱼段气调包装袋内CO2动态变化与鱼体肌肉表面pH值关系[J]. 周冬香,周培根,陈椒. 上海水产大学学报. 2002(02)
[6]猪肌肉生长抑制素基因 5′调控区T→A突变与生长性状的关系分析[J]. 姜运良,李宁,杜立新,吴常信. 遗传学报. 2002(05)
[7]猪MSTN基因多态性及其SNPs的研究[J]. 李绍华,熊远著,郑嵘,李爱云,邓昌彦,蒋思文,雷明刚,文雅芹,曹国春. 遗传学报. 2002(04)
[8]猪肉品质特征的形成原理[J]. 陈代文,张克英,胡祖禹. 四川农业大学学报. 2002(01)
[9]猪脂肪沉积相关的生化特征研究[J]. 杨在清,熊远著,郑用链,夏涛,甘莉,王绩,袁继红,朱意,李维琳. 畜牧兽医学报. 2001(05)
[10]载脂蛋白E基因多态性与血脂和冠心病相关性研究[J]. 孙红霞,傅桂莲. 北华大学学报(自然科学版). 2001(03)
博士论文
[1]猪骨骼肌生长及肌纤维类型分布的分子机理研究[D]. 杨晓静.南京农业大学 2004
[2]猪12号染色体上10个新基因的分离、定位及其与部分性状的关联分析[D]. 杨金娥.华中农业大学 2004
[3]猪PA28和PA700基因家族相关基因的分离、定位、SNPs检测及其与性状的关联分析[D]. 王彦芳.华中农业大学 2004
硕士论文
[1]猪五个基因的分离、辐射杂种板定位及其与经济性状的关联分析[D]. 林丽.华中农业大学 2004
[2]3个亲本品种和4个杂交猪种肌肉的组织生化研究[D]. 李良华.华中农业大学 2003
本文编号：3421793
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：78 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
1 文献综述
1.1 研究问题的由来
1.2 猪肌肉品质的相关研究
1.2.1 肌纤维性状及其与肉质的关系
1.2.2 影响肉质的其他主要性状
1.2.2.1 pH值(pH value)
1.2.2.2 肉色(meat color)
1.2.2.3 嫩度(tenderness)
1.2.2.4 系水力(water-holding capacity,WHC)
1.2.2.5 风味(navor)
1.3 猪肌肉品质相关候选基因研究进展
1.3.1 肌纤维生长发育候选基因的研究进展
1.3.1.1 MyoD家族
1.3.1.2 肌肉生长抑素(Myostatin)
1.3.1.3 钙蛋白抑制蛋白(CAST)
1.3.2 其他相关候选基因的研究进展
1.3.2.1 氟烷基因
1.3.2.2 酸肉基因
1.3.2.3 影响肌内脂肪含量的基因
1.4 基于EST的新基因分离方法
1.4.1 依据
1.4.2 表达序列标签(EST)
1.4.3 基因的电子克隆
1.5 研究的四个基因的进展
1.5.1 MARPs(肌肉锚定重复蛋白家族)
1.5.1.1 ANKRD1(锚定重复蛋白1)
1.5.1.2 ANKRD2(锚定重复蛋白2)
1.5.1.3 ANKRD23(锚定重复蛋白23)
1.5.2 ASB15(Ankyrin repeat and SOCS box protein 15)
2 研究的目的和意义
3 材料与方法
3.1 材料
3.1.1 组织样品
3.1.2 DNA样品
3.1.3 主要试剂
3.1.4 主要试剂的配制
3.1.5 菌株
3.1.6 酶和试剂盒
3.1.7 主要仪器设备
3.1.8 主要分子生物学软件、统计软件和相关网站
3.2 方法
3.2.1 候选基因的克隆方法
3.2.1.1 EST-重叠群的构建
3.2.1.2 引物设计
3.2.1.3 PCR扩增条件
3.2.1.4 PCR产物的纯化、克隆和测序
3.2.3 用RACE方法获取ANKRD2基因的全长cDNA
3.2.4 基因染色体定位的SCHP和IMpRH法
3.2.4.1 引物设计
3.2.4.2 PCR扩增分型方法
3.2.4.3 数据分析方法
3.2.5 基因组织表达谱与时期表达谱研究
3.2.5.1 总RNA的提取及检测
3.2.5.2 反转录反应(RT-PCR)
3.2.5.3 半定量PT-PCR进行表达谱分析
3.2.5.4 通过Real-time Q-PCR进行时期表达谱分析
3.2.6 基因的多态性检测方法
3.2.6.1 PCR反应
3.2.6.2 RFLP方法
3.2.7 基因多态性与性状的关联分析方法
3.2.8 肌纤维性状测定
4 结果
4.1 基因的克隆与eDNA全长获取
4.1.1 RT-PCR扩增的结果
4.1.2 猪ANKRD2基因cDNA与氨基酸序列分析结果
4.1.3 猪ANKRD23基因cDNA与氨基酸序列分析结果
4.1.4 猪ASB15基因cDNA与氨基酸序列分析结果
4.2 基因的染色体定位结果
4.2.1 染色体区域定位结果
4.2.1.1 ANKRD1基因染色体区域定位结果
4.2.1.2 其它基因染色体区域定位结果
4.2.2 精细定位结果
4.3 基因的组织表达谱与时期表达谱结果
4.3.1 ANKRD1基因的组织表达谱结果
4.3.2 ANKRD2基因的组织表达谱与时期表达谱结果
4.3.2.1 半定量RT-PCR的方法进行表达谱分析
4.3.2.2 通过Real-time Q-PCR进行时期表达谱分析
4.3.3 ANKRD23基因的组织表达谱与时期表达谱结果
4.3.4 ASB15基因的组织表达谱与时期表达谱结果
4.4 猪ANKRD2基因遗传多态性检测分析结果
4.4.1 ANKRD2基因两个位点的多态性检测
4.4.2 遗传变异检测结果
4.4.3 基因在不同猪群中的多态性分析结果
4.5 猪ANKRD2的遗传变异与部分经济性状的关联分析结果
4.6 通城猪肌纤维形念测定结果及与其ANKRD2基因的关系研究
4.6.1 通城猪肌纤维形态测定结果
4.6.2 ANKRD2基因多态性检测分析结果
5 讨论
5.1 关于基因的全长获取及分析
5.2 关于四个基因的物理定位结果
5.3 关于基因的组织及时期表达谱
5.3.1 通过半定量RT-PCR的方法研究基因的组织及时期表达谱
5.3.2 通过Real-time Q-PCR进行时期表达谱
5.4 关于ANKRD2基因的多态检测及性状关联分析
5.4.1 ANKRD2基因第五外显子的多态检测及性状关联分析
5.4.2 ANKRD2基因第八外显子的多态检测及性状关联分析
5.5 关于肌纤维形念研究
6 小结
6.1 本研究获得的结果
6.2 本研究的创新点
6.3 本研究不足之处及下一步值得研究的工作
参考文献
附录1 缩略词表
附录2 主要性状的中英文对照和缩写
附录3 ANKRD2基因的mRNA序列
附录4 ANKRD23基因的部分mRNA序列
附录5 ASB15基因的部分mRNA序列
在读期间发表(待发表)论文题录
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]猪肌纤维发育及其与肉质的关系[J]. 刘居鹏,单安山,彭济昌. 中国饲料. 2006(16)
[2]猪肉基因(组)研究进展及相关问题探讨[J]. 朱猛进,刘榜,李奎. 遗传. 2005(01)
[3]猪肉品质与遗传特性[J]. 李婉涛. 中国食品学报. 2004(03)
[4]导致猪肉系水力下降的主要因素及防制措施[J]. 杨明升,刘红林,王林云. 畜牧与兽医. 2002(07)
[5]草鱼段气调包装袋内CO2动态变化与鱼体肌肉表面pH值关系[J]. 周冬香,周培根,陈椒. 上海水产大学学报. 2002(02)
[6]猪肌肉生长抑制素基因 5′调控区T→A突变与生长性状的关系分析[J]. 姜运良,李宁,杜立新,吴常信. 遗传学报. 2002(05)
[7]猪MSTN基因多态性及其SNPs的研究[J]. 李绍华,熊远著,郑嵘,李爱云,邓昌彦,蒋思文,雷明刚,文雅芹,曹国春. 遗传学报. 2002(04)
[8]猪肉品质特征的形成原理[J]. 陈代文,张克英,胡祖禹. 四川农业大学学报. 2002(01)
[9]猪脂肪沉积相关的生化特征研究[J]. 杨在清,熊远著,郑用链,夏涛,甘莉,王绩,袁继红,朱意,李维琳. 畜牧兽医学报. 2001(05)
[10]载脂蛋白E基因多态性与血脂和冠心病相关性研究[J]. 孙红霞,傅桂莲. 北华大学学报(自然科学版). 2001(03)
博士论文
[1]猪骨骼肌生长及肌纤维类型分布的分子机理研究[D]. 杨晓静.南京农业大学 2004
[2]猪12号染色体上10个新基因的分离、定位及其与部分性状的关联分析[D]. 杨金娥.华中农业大学 2004
[3]猪PA28和PA700基因家族相关基因的分离、定位、SNPs检测及其与性状的关联分析[D]. 王彦芳.华中农业大学 2004
硕士论文
[1]猪五个基因的分离、辐射杂种板定位及其与经济性状的关联分析[D]. 林丽.华中农业大学 2004
[2]3个亲本品种和4个杂交猪种肌肉的组织生化研究[D]. 李良华.华中农业大学 2003
本文编号：3421793
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