基于异构系统的生物序列比对并行处理研究进展

发布时间：2018-02-21 10:44

  本文关键词： 序列比对 并行处理 异构 GPU FPGA Cell BE MIC　出处：《计算机科学》2015年S2期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：序列比对工作属于生物信息学的基础性研究领域。由于它具有应用广泛、计算复杂以及海量数据等特点,加之现在高性能计算的兴起,使得近年来序列比对并行处理技术快速发展。首先介绍了序列比对领域高性能计算的新进展,接着从体系结构特征入手对其研究进行分类,并对每类方法的实现细节和性能进行分析比较,从中不难看出访存控制、同步、数据交互以及算法可扩展性等问题均为目前基于异构系统的序列比对并行处理研究的关键点。最后,对该领域的未来研究方向进行了展望。
[Abstract]:Sequence alignment belongs to the basic research field of bioinformatics. Because of its wide application, complex computation and massive data, and the rise of high performance computing, In recent years, the parallel processing technology of sequence alignment has developed rapidly. Firstly, the new progress of high performance computing in sequence alignment field is introduced. The implementation details and performance of each method are analyzed and compared. It is not difficult to see the memory access control, synchronization, The problems of data interaction and algorithm extensibility are the key points in the research of parallel processing of sequence alignment based on heterogeneous systems. Finally, the future research direction of this field is prospected.
【作者单位】： 肇庆学院计算机学院;湖南大学信息科学与工程学院;国家超级计算长沙中心;
【基金】：国家自然科学基金重点项目(61133005,61432005),国家自然科学基金青年基金(61402400) 广东省自然科学基金(2014A030310288)资助
【分类号】：TP338.6

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本文编号：1521764