基于设计模式的生物信息存储研究

发布时间：2020-07-09 23:54

【摘要】： 随着越来越多的生物基因(组)的测序完成,生物数据不但在数量上呈指数增长,存储及维护生物数据的组织和数据库也越来越多。对生物数据的分析与研究是我们的首要目的,但正因为生物数据的种类及存储方式众多,导致我们在检索、研究等方面遇到了众多困难。如何将海量的数据按照统一、有效的方式进行存储,已成为当前急需解决的问题。同时,随着后基因时代的来临,打破传统的生物信息存储模式已成为必然。寻找到更好的存储方式,将为我们更高效地获得有价值的生物信息提供极大的方便。 生物数据存储的主要问题包括语义异构,语法异构,和模式异构等。为了较好的解决以上问题,在研究中结合了XML在生物信息学中现阶段的应用情况,将其作为数据的存储格式及实现存储模式的媒介。同时,针对本文提出的存储模式所具有的特点,将XML面向对象的特性纳入了研究范围,使生物信息存储从信息抽象到数据生成均使用统一的信息组织形式。 本文根据生物数据自身的特点,从不同角度对其包含的信息进行了分析、抽象以及归类,形成了生物信息存储的基本结构。以此结构为基础,根据不同类型的生物数据存储需求,设计了四种生物信息存储模式。 存储模式以软件设计模式的思想为基础,以面向对象作为实现手段,将XML作为数据载体,实现生物数据存储的模块化、统一化。同时,这些存储模式不但符合生物信息存储与研究的特点,其自身的可复用性也为今后生物信息存储方面的研究奠定了基础。
【学位授予单位】：华中师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2010
【分类号】：TP333

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本文编号：2748163