SNP芯片基因型填充至测序数据的策略

发布时间：2017-11-11 14:26

  本文关键词：SNP芯片基因型填充至测序数据的策略

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【摘要】：根据畜禽基因组信息,模拟了1条染色体测序数据、中密度和高密度SNP芯片数据。利用Beagle和FImpute将SNP芯片填充至测序数据,提出了一步法和两步法2种填充策略。结果表明,直接将中密度芯片填充至测序数据的一步法策略填充准确性较低,当公畜为参考群体时,两步法策略将后裔填充准确性由一步法时的0.691提高至0.863;当不同规模母畜为参考群体时,一步法策略下半同胞填充准确性为0.553~0.664,而两步法策略则大幅度提高到0.832~0.866。随着参考群体的增加,SNP芯片到测序数据的填充准确性可进一步提高,同样亲缘关系也有助于填充准确性提高。一步法填充策略下,Beagle填充准确性低于FImpute,但随着参考群体的扩大,差距逐步缩小,而在两步法策略下,Beagle与FImpute基因型填充准确性没有显著差异。
【作者单位】： 中国农业大学动物科学技术学院;农业部动物遗传育种与繁殖重点实验室;国家畜禽育种工程实验室;
【基金】：高等学校博士学科点专项科研基金资助项目(20110008110001) 国家现代农业产业技术体系生猪产业技术体系资助项目(CARS-36) 北京市科技计划项目(D15110004615004)
【分类号】：Q811.4
【正文快照】： 随着生物技术的发展,SNP芯片和二代测序技术在动植物育种中的应用逐渐广泛,尤其利用全基因组遗传标记进行基因组选择带来了动植物育种的革命,弥补了传统育种方法的不足,受到了越来越多的关注[1]。动植物中已开发了诸多商业化SNP芯片,以奶牛为例,有低密度的3K芯片(Bovine3K)和7

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

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【共引文献】

中国期刊全文数据库 前1条

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【相似文献】

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10 张e，

本文编号：1171787