番茄GATA转录因子的全基因组挖掘及抗逆相关基因筛选

发布时间：2024-07-10 19:09

　　GATA转录因子普遍存在于真核生物中,它参与一些重要的生物学过程,例如,在植物光响应调控、细胞分裂素响应、抵抗生物胁迫及非生物胁迫、叶绿素合成以及碳、氮代谢等扮演着重要的角色,这些生物学过程与作物产量密切相关。在其他生物中有关于GATA转录因子的报道很多,然而在番茄中有关GATA转录因子的分析较少。所以本研究旨在对番茄中GATA转录因子进行全面的挖掘鉴定,通过生物信息学分析明确家族基因相关特征,对番茄抗逆相关的家族成员进行筛选鉴定,并对部分抗逆应答显著的基因进行功能验证。旨在为番茄抗逆基因的研究和利用奠定基础。具体结果如下:(1)本研究通过生物信息学的手段,鉴定获得了30个番茄GATA转录因子家族成员。这些家族成员被分为4个亚族。其中大部分成员结构保守。染色体定位分析表明,番茄GATA转录因子在番茄12条染色体上均有分布,但数量不同。(2)对第I亚族的14个番茄GATA成员进行了的组织特异性表达模式分析。结果显示,这些基因在番茄的各个组织中表达是有差异的。同一基因在不同组织中的表达量不同,不同基因在同一组织中的表达量也不相同。例如,SlGATA11基因几乎仅在花中表达。(3)本研究选取...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图3-1番茄、拟南芥GATA蛋白家族系统进化树

族按照系统进化树分类的结果命名，其中番茄的GATA转录因子家族成员在各个体分布情况如下：I（14个），分别为SlGATA2、SlGATA6、SlGATA7、SlGATA9、SATA12、SlGATA13、SlGATA15、SlGATA17、SlGATA19、SlGATA2....

图3-2番茄GATA蛋白家族的保守结构域序列比对Fig.3-2ComparisonofconserveddomainsequencesofGATAproteinfamilyintomato3.1.4番茄GATA蛋白家族的保守序列分析和基因结构分析

部分氨基酸位点是保守的，如，His-9，Met-20，Arg-22，Gly-26，Pro-27，Arg-28，Leu-，第IV亚族中的氨基酸位点保守性较好,如Gly-5，Pro-6，Tyr-8，His-9，Gly-11，Val-1hr-13，Ser-14，Leu-19，Tr....

图3-3番茄GATA基因家族保守元件分析

图3-3番茄GATA基因家族保守元件分析Fig.3-3AnalysisofconservedmotifsofGATAgenefamilyintomato番茄GATA第I亚族内含子的个数在1（SlGATA2、SlGATA6、SlGATA9、S....

图3-4番茄GATA基因家族基因结构分析

图3-4番茄GATA基因家族基因结构分析Fig.3-4GeneticstructureanalysisofGATAgenefamilyintomato3.1.5番茄GATA基因家族染色体定位分析通过染色体定位图发现（图3-5），在番茄12个....

本文编号：4004593