鼻咽癌STGC3基因转录调控元件分析与鉴定

发布时间：2024-07-09 02:07

　　目的 :分析并鉴定STGC3基因转录调控元件,探讨鼻咽癌STGC3基因的转录调控分子机制。方法 :运用生物信息学,预测并分析STGC3基因核心启动子区的转录因子结合位点;将相关转录因子结合位点,制备3种探针即生物素标记野生型、突变型及未标记野生型;提取CNE2细胞核蛋白,利用电泳迁移率变动分析(EMSA)及染色质免疫共沉淀(ChIP)分析,体内外鉴定转录因子结合位点。结果 :在STGC3基因核心启动子区存在21个转录因子结合位点,其中9个为Sp1转录因子结合位点;进一步严格限定参数,STGC3基因核心启动子区域含有转录因子结合位点5个,其中Sp1转录因子结合位点2个;EMSA和ChIP实验结果显示,STGC3基因中存在转录因子Sp1特异性结合位点,从而鉴定出STGC3基因转录调控元件。结论 :STGC3基因核心启动子区含有Sp1特异性结合位点,为该基因的转录调控元件。

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【部分图文】：

图1参数默认时，STGC3基因核心启动区转录调控元件预测结果

AliBaba2.1、TESS和TFSEARCH3种在线软件，预测并分析STGC3基因核心启动子-934～-653bp区域序列内存在的转录调控元件。结果显示，该基因核心启动区域内存在转录调控元件较多，综合分析预测结果，确定以AliBaba2.1软件预测结果作为本实验结果。....

图2严格限定参数后，STGC3基因核心启动区的转录调控元件预测结果

下划线为Sp1核心序列；方格中为突变碱基；WtSp1为未标记的野生型探针；Biotin-MtSp1为生物素标记的突变型探针；Biotin-WtSp1为生物素标记的野生型探针（图3）。图3人工合成的Sp1寡核苷酸双链探针序列

图3人工合成的Sp1寡核苷酸双链探针序列

图2严格限定参数后，STGC3基因核心启动区的转录调控元件预测结果2.3ChIP鉴定STGC3基因转录调控元件

图4EMSA鉴定STGC3基因转录调控元件结果

采用ChIP进一步鉴定STGC3基因核心启动区存在转录调控元件。实验中为排除可能出现假阳性或假阴性结果，实验分5组，分别是阳性对照组，即没有用抗体处理的含有总基因DNA的imput，阴性对照组是用IgG处理的DNA，同时设AntiPolymeraseⅡ和Noantibody组排....

本文编号：4004226