乌珠穆沁绵羊RIPK2基因多态性与生长性状的关联

发布时间：2017-11-11 17:20

  本文关键词：乌珠穆沁绵羊RIPK2基因多态性与生长性状的关联

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【摘要】：【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果,旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记,同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取其中30个个体的血液DNA样本,以相同浓度组成池DNA,设计引物对RIPK2基因外显子及其上下游1 000bp的调控区进行PCR扩增,PCR产物检测为目的条带后测序。使用DNAMAN和Chromas2软件对测序峰图进行分析,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型。使用Haploview软件对多态位点构建单倍型及连锁不平衡分析。使用SPSS(22.0)软件进行RIPK2基因SNP位点与生长性状间的关联分析。【结果】共发现了4个多态位点,A5536G的同义突变rs01位于第四外显子内,在该位点检测到三种基因型,AA基因型频率为0.42,AG基因型频率为0.45,GG基因型频率为0.13,优势等位基因为A,其频率为0.65;在第七外显子上检测到T8952C错义突变rs02,在该突变位点检测到3种基因型,其中TT基因型频率为0.82,TC基因型频率为0.16,CC基因型频率为0.02,T为优势等位基因,基因频率为0.9;在第十外显子检测到T2836C的突变rs05,在该位点检测到两种基因型TT和CC,没有检测到杂合子基因型,TT基因型频率为0.25,CC基因型频率为0.75;上游调控区发现一个G5181C的突变rs30,有3种基因型,其中GC基因型频率为0.50,CC基因型频率为0.18,GG基因型频率为0.32,G为优势等位基因,其频率为0.58;GWAS得到的SNP位点是T4456C,在本研究中被命名为rs34,在该位点有3种基因型,其中TT基因型频率为0.49,TC基因型频率为0.37,CC基因型频率为0.14,优势等位基因T的频率为0.68。χ~2适合性检验发现,除rs34位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。rs02位点处于低度多态(PIC0.25),其余位点处于中度多态(0.25PIC0.5)。连锁不平衡分析发现,rs01和rs02位点强连锁,在群体中共构建了3种单倍型,AT为优势单倍型,其频率为0.645,这两个位点共构建了6种基因型组合,其中AATT为优势基因型组合,频率为0.425。单标记关联分析表明:rs01位点的AA、AG基因型的个体和GG基因型个体在4月龄体重、胸围上差异显著(P0.05),在6月龄体高、胸围上差异显著(P0.05)。rs02位点CC基因型个体在4月龄体重、体高、胸围和6月龄胸宽上显著优于TT、TC基因型个体(P0.05),在4月龄体斜长、6月龄体高和体斜长上极显著优于TT、TC基因型的个体(P0.01)。rs30位点上,GG基因型的个体在4月龄体重、胸围与其他两种基因型个差异显著(P0.05),3个基因型的个体在6月龄胸围上均有显著差异(P0.05)。rs34位点的3个基因型的个体仅在4月龄体重上差异显著(P0.05)。rs01-rs02组合基因型关联分析发现:GGCC基因型组合的个体在4月龄体重、体高、体斜长、胸围上与其他基因型之间差异显著(P0.05),GGCC基因型组合的个体在6月龄体高、体斜长、胸宽上与其他基因型组合的个体差异显著(P0.05)。【结论】RIPK2基因对绵羊生长性状具有较显著的影响,其SNPs作为分子标记对乌珠穆沁绵羊生长性状的选育具有一定的指导意义。
【作者单位】： 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所;
【基金】：国家“十二五”863项目(2011AA100307-02) 2015年农业部财政项目(2015-ncx-25)
【分类号】：S826
【正文快照】： Association of the RIPK2 Gene Genetic Variationwith Ujumqin Sheep Growth Traits 0引言【研究意义】以前期绵羊肉用性状全基因组关联分析结果为基础,从分子水平上筛选RIPK2基因中与乌珠穆沁绵羊生长性状显著相关的分子标记,以丰富乌珠穆沁绵羊育种中可用的分子标记,为乌

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