鸡MDA5、LGP2基因编码区的中性选择分析与遗传分化分析

发布时间：2017-11-12 04:05

本文关键词：鸡MDA5、LGP2基因编码区的中性选择分析与遗传分化分析

【摘要】：近年来,对禽流感病毒及其相关抗性基因的研究逐渐成为生物学和遗传学研究的重点。而鸡缺失禽类抗禽流感的重要基因RIG-1让同一家族的MDA5和LGP2两个基因成为了研究热门。中性检验同样是近年来遗传学研究的重要内容,以中性选择的标准模型为零假设,计算相关统计量,检验其是否偏离中性假设的情况,得到目的区域的受选择情况。本研究将中性检验、多态性分析与基因研究相结合,对MDA5和LGP2两个基因的编码区进行分析,找到候选位点。本实验以华南农业大学保存的杏花鸡、隐性白羽洛克鸡、清远麻鸡、粤黄鸡和丝羽乌骨鸡,广州市江丰实业有限公司保存的文昌鸡,广东海洋大学保存的贵妃鸡和麒麟鸡共8个品种为实验材料,以茂名红火番鸭种苗有限公司的黑羽番鸭为外群,扩增MDA5和LGP2编码区,通过序列分析进行多态性、中性检验相关研究。两个基因各有12和17个多态位点,其中各有一个位点被SIFT软件预测为引起蛋白质功能变化的潜在突变,并发现鸡的不耐受位点比例高于番鸭。而贵妃鸡的MDA5显示出与其他品种不同的高保守性和纯合性。利用Fst参数对两个基因进行品种间比较,发现贵妃鸡的MDA5与其他品种分化较大,Fst值都超过了0.5,显示出极大的遗传分化差异。连锁不平衡分析发现LGP2品种间存在一个单倍型块,并与其他4个位点形成连锁不平衡关系,MDA5存在三个位点两两连锁的情况,这些位点可与被SIFT预测的位点共同作为基因功能研究的候选位点。另外,本实验对两个基因进行品种间中性选择分析,通过Tajima和Fu and Li检验发现丝羽乌骨鸡的LGP2的Fu and Li检验值显著大于0,说明可能存在正向选择或者平衡选择。而以Ka/Ks比例进行品种间中性选择分析,结果显示两个的Ka/Ks值都小于1,并且达到显著水平。这说明鸡MDA5和LGP2两个基因在进化过程中受到过净化选择(负向选择)。综合以上结果,本研究认为MDA5和LGP2耐受能力的差异和负向选择可能是造成鸡与番鸭在感染禽流感病毒后出现发病差异的重要原因。
【学位授予单位】：华南农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S858.31

【参考文献】

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1 丁云磊;孙英杰;王晓旭;胡跃;费荣梅;丁铲;;RIG-I样受体信号通路及其调控研究进展[J];中国动物传染病学报;2014年05期

2 张雅春;胡卫杰;王建超;王伟;邓瑞坡;李越;赵颖慧;孟庆文;;鸭RIG-1基因的组织表达及体外抗禽流感病毒活性研究[J];中国预防兽医学报;2013年12期

3 马建青;李祥龙;周荣艳;李兰会;任玉红;;不同物种Hsf2基因编码区生物信息分析[J];河南农业科学;2012年06期

4 邓夏珩;郭军;;MDA5与抗病毒感染信号转导[J];细胞与分子免疫学杂志;2011年11期

5 李广波;潘欣;;2009甲型H1N1流感病毒新进展[J];医学研究生学报;2010年01期

6 林栲;李海鹏;;DNA水平上检测正选择方法的研究进展[J];遗传;2009年09期

7 黄艳群;陈文;邓学梅;邱祥聘;李宁;吴常信;;鸡lmbr1基因外显子16的SNP检测和单倍型分析[J];畜牧兽医学报;2007年08期

8 康山,段丽红,张健慧,郭炜,王娜,李琰;p53基因多态性与卵巢上皮性癌发病风险的关系[J];中华妇产科杂志;2004年11期

9 周琦,王文;DNA水平自然选择作用的检测[J];动物学研究;2004年01期

10 谢成侠;中国鸡种的历史研究[J];中国农史;1984年01期