甘草microRNA及其靶基因的生物信息学预测

发布时间：2017-11-16 12:03

  本文关键词：甘草microRNA及其靶基因的生物信息学预测

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【摘要】：目的利用生物信息学手段预测甘草Glycyrrhiza uralensis的micro RNA(mi RNA),并实验验证其存在,确定相应的靶基因,为理解甘草mi RNA的生物学功能奠定基础。方法下载公共核酸数据库中的甘草高通量测序序列和表达序列、标签序列,使用Trinity和Assembler等软件拼接以获得转录本数据。基于mi RNA前体序列在植物物种间的保守性,将mi RBase数据库中的已知植物mi RNA前体与甘草转录组序列进行Blast比对,按照mi RNA前体应具备的标准进行筛选。通过stem-loop q RT-PCR实验验证mi RNA。使用ps RNATarget软件进行mi RNA的靶基因预测,并对靶基因进行功能分析。结果序列拼接获得88 263条甘草转录组数据。使用这些数据预测到分属于17个家族的49个mi RNA序列,以及相应的30个茎环结构前体,随机选取其中12个,经实验验证,确实存在。这些mi RNA靶向的172个基因主要参与基因转录调控、信号转导、发育调控和防御反应等生物学过程。结论新预测的甘草mi RNA及其靶基因为进一步研究mi RNA在甘草中的生物学功能奠定了基础。
【作者单位】： 中央民族大学生命与环境科学学院;
【基金】：国家自然科学基金资助(31370356) 中央民族大学学术团队建设项目(2015C8) 国家大学生创新创业训练计划(GCCX2014110045)
【分类号】：S567.71
【正文快照】： 李华云,王宁,韦春香,张彤,付晨熙,高飞*,周宜君中央民族大学生命与环境科学学院,北京100081甘草Glycyrrhiza uralensis Fisch.为豆科(Leguminosae)甘草属Glycyrrhiza L.多年生草本植物,是中国传统大宗补益中草药,药用部位是根及根茎。甘草具有祛痰止咳、清热解毒、抗癌和免疫

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本文编号：1192259