朝仓花椒幼芽转录组测序数据组装及基因功能注释

发布时间：2017-11-19 01:21

  本文关键词：朝仓花椒幼芽转录组测序数据组装及基因功能注释

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【摘要】：采用2代Illumina Hi-Seq测序技术对朝仓花椒雌株结果期幼芽的转录组进行测序,构建了转录组数据库,获得49 672 080条Clean Reads数据,包含总长度为4 967 208 000 nt序列数据信息;经拼接组装,获得转录组基因信息长达55 902 243 nt的176 407个Contig片段,再通过进一步拼接,共获得平均长度为878 nt的96 475个Unigene片段。与Nt、Nr、Swiss-Prot、COG、GO、KEGG等数据库进行BLAST信息比对(E-value艽10-5),共获得68 315个注释基因,以及62 150个表达序列标签(EST)。与NR数据库比对,发现花椒转录组基因序列与同科柑橘属的甜橙(Citrus sinensis)和克莱门柚(Citrus clementina)具有较高的同源性,分别为43.96%及41.86%,与其他物种的同源性较低,均不足10%;可将花椒转录组的Unigene的功能通过与COG数据库进行注释比对划分为25类;根据GO数据库的注释,可将其分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类共55分支,根据与KEGG数据库的比较分析发现朝仓花椒的转录组数据中含有代谢通路相关基因128类,其中包括多种化合物的代谢途径和次生代谢产物的生物合成途径,其中有较多的次生物质代谢途径,如萜类化合物生物合成途径、黄酮类生物合成代谢途径以及花青素的生物合成途径等。
【作者单位】： 贵州大学山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室/贵州省山地生态与农业生物工程2011协同创新中心;贵州大学药学院;贵州大学生命科学学院/农业生物工程研究院;
【基金】：贵州省科技计划项目“无刺花椒快速繁殖技术及产业化示范研究”(黔科合计Z字(2012)4008) 国家转基因生物新品种培育科技重大专项“安全转基因技术研究”子课题任务(2014 ZX 08010-003)基金共同资助
【分类号】：S573.9
【正文快照】： Transcriptome Data Assembly and Gene Function Annotation ofZanthoxylum piperitum DC var.inerme MakinoZhao Yichen1,2Liu Xuewei1,3Li Yan1,3Zhao Degang1,3*1 The Key Laboratory of Plant Resources Conservation and Germplasm Innovation in Mountainous Region(Mi

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本文编号：1201838