用于羊草基因分型的SNP分子标记技术研究

发布时间：2017-11-19 23:03

  本文关键词：用于羊草基因分型的SNP分子标记技术研究

  更多相关文章： 羊草 转录组 SNP标记 HRM基因分型 指纹图谱

【摘要】：以我国广泛分布的多年生优势禾本科牧草羊草为研究材料,针对羊草目前尚无SNP标记技术的报道,基于实验室已有的转录组数据,挖掘其中的SNP分子标记,建立一种利用高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)进行羊草SNP基因分型的方法。结果表明,从羊草转录组数据中获得41843个SNPs,转换的数量是颠换数量的2倍;建立了基于SNP的HRM基因分型方法,设计了112对SNP引物,其中有98对(87.5%)能扩增出明亮单一条带,扩增条带大小符合预期的有72对(64.29%),适宜进行HRM基因分型的引物有46对,占41.07%;用其中的7对引物可将羊草48份种质区分开,并绘制出指纹图谱。通过对部分HRM基因分型结果进行测序验证,表明测序分析的基因型结果与HRM基因分型结果一致,证明HRM基因分型结果是可靠的。本研究首次建立的基于SNP的HRM基因分型方法,可用于羊草种质资源的指纹图谱绘制、育种亲本的选配、基因关联分析、分子标记辅助育种、功能分子标记开发、新品种的保护等育种工作。
【作者单位】： 中国科学院植物研究所北方资源植物重点实验室;中国农业科学院草原研究所;全国畜牧总站;
【基金】：国家草品种区域试验项目-羊草新品种“三性”测试(农财发[2015]36号) 国家重点基础研究发展计划(973计划)项目(2014CB138704)资助
【分类号】：S543.9
【正文快照】： 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)指在个体基因组上任何一个核苷酸的变异形成的DNA序列多态性[1]。与其他分子标记(如SSR)相比[2],SNP分子标记具有明显的优势。SNPs数量多,分布广泛,多态性丰富,密度高。在植物基因组内,平均每21bp就出现一个SNP。一般只

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本文编号：1205187