阳春砂基于转录组的萜类合酶基因挖掘及一个单萜合酶基因的克隆

发布时间：2017-12-25 14:15

本文关键词：阳春砂基于转录组的萜类合酶基因挖掘及一个单萜合酶基因的克隆　出处：《广州中医药大学学报》2016年03期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：【目的】深入挖掘阳春砂转录组中挥发性萜类合酶相关基因,为全面认识阳春砂挥发性萜类代谢途径和分子调控模式奠定基础。【方法】整理前期工作获得的阳春砂2个转录组的数据,筛选已注释的及利用本地blast方法再注释的萜类合成途径的unigene;并通过对部分候选unigene的表达量与挥发性萜类化合物含量的相关性分析及生物信息学分析,进一步筛选出相关基因;采用PCR及重组载体构建的方法克隆其中一个单萜合酶基因,并对其编码蛋白序列进行分析。【结果】筛选得到10个挥发性萜类合成上游途径相关unigene及11个下游萜类合酶基因;相关性分析证明候选基因与阳春砂主要挥发性萜类有较强相关性;并成功克隆得到Av TPS1基因,其序列包含1 803 bp的开放阅读框,编码600个氨基酸;其编码蛋白含有单萜合酶蛋白特有的DDXXD、RRX8W和NSE/DTE等保守基序,N端含有一段叶绿体转运肽;系统进化分析表明Av TPS1属于TPS-b亚家族。【结论】结合转录组、表达谱数据的深入挖掘和与挥发性萜类化合物数据的关联,有效筛选出了阳春砂多个值得后续研究的萜类合酶基因;其中对Av TPS1的克隆及生物信息学分析为后续功能鉴定提供了基础。
【作者单位】：广州中医药大学中药资源科学与工程研究中心岭南中药资源教育部重点实验室国家中成药工程技术研究中心南药研发实验室;广州中医药大学中药学院;
【基金】：国家自然科学基金青年科学基金项目(编号:81303163) 广东省高等学校优秀青年教师培养计划项目(编号:Yq2013042) 广州中医药大学青年英才培养项目(编号:AAC414124A08)
【分类号】：R284.1
【正文快照】： 砂仁是芳香化湿类中药,也是我国“四大南药”之一,其性温,味辛,具有化湿开胃、温脾止泻、理气安胎等功效[1]。阳春砂Amomum villosumLour.是砂仁的主流品种,广东阳春所产的道地药材阳春砂品质最佳[2-3]。挥发油是阳春砂芳香化湿、行气止痛的主要物质基础。道地药材阳春砂果实

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