3个品种猪MEF2D基因启动子多态及其生物信息学分析

发布时间：2018-01-28 00:37

本文关键词： 从江香猪 MEFD基因 SNP 启动子生物信息学　出处：《中国畜牧杂志》2017年10期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：研究以从江香猪、杜×长×大外三元杂交猪及贵州宗地花猪为研究对象,采用混合DNA池结合直接测序技术筛选猪MEF2D基因5'UTR及第1外显子区SNPs位点;同时利用生物信息学软件分析SNPs位点对核心启动子区、Cp G岛和转录因子结合位点的影响。结果表明:在猪MEF2D基因5'UTR区共筛查到4个SNPs位点,分别为A-511G、T-453A、T-242G和T-180A;生物信息学软件预测发现T-453A和T-242G位点附近有重要转录因子结合位点消失和新位点生成,据此推测猪MEF2D基因5'UTR区的T-453A和T-242G位点对调控启动子功能元件可能存在重要影响。
[Abstract]:In this study, Congjiang Xiang pig, du 脳 Chang 脳 Dawei three-way crossbred pig and Guizhou Zongdi Hua pig were taken as the research objects. Mixed DNA pool combined with direct sequencing was used to screen porcine MEF2D 5 UTR and SNPs locus in exon 1. At the same time, the core promoter region of SNPs locus was analyzed by bioinformatics software. The results showed that four SNPs loci were screened in the 5UR region of porcine MEF2D gene, which were A-511GnT-453A. T-242G and T-180A; Bioinformatics software predicted the disappearance of important transcription factor binding sites and the formation of new sites near T-453A and T-242G sites. It is inferred that the T-453A and T-242G loci in the 5UR region of porcine MEF2D gene may have important effects on the regulation of promoter functional elements.
【作者单位】：贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州大学动物科学学院;贵州省生猪健康养殖工程技术研究中心;贵州省种畜禽种质测定中心;
【基金】：贵州大学引进人才科研项目[贵大人基合字2013(21)号] 贵州省工程中心建设项目(黔科合农C字[2011]4022号)
【分类号】：Q78;S828
【正文快照】： 肌细胞增强因子2(Myocyte Enhancerfactor2,MEF2)是广泛存在于肌肉细胞的DNA结合活性因子,可与大多数肌肉发育相关基因的启动子或增强子结合,激活其活性。MEF2基因家族的4个成员(MEF2A、MEF2B、MEF2C、MEF2D)即使是同一物种中也位于不同染色体上。Larsen等[1]将猪MEF2A、MEF2C

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