亚麻荠NBS类抗病基因家族的鉴定与分析

发布时间：2018-01-29 14:39

  本文关键词： 亚麻荠 抗病基因 NBS家族 基因簇 生物信息学　出处：《分子植物育种》2017年04期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：NBS类抗病基因是植物中最大的一类抗病基因。亚麻荠是一种新型能源及特用油料作物,抗病、虫、杂草及逆境能力极强。然而,有关其抗性分子机理鲜有报道。本研究采用NB-ARC标准结构域的HMM模型,对亚麻荠本地蛋白质数据库进行检索分析,在全基因组水平上鉴定NBS类抗病基因。结果表明亚麻荠基因组共有472个NBS类抗病基因,分布于17条染色体上,56%的基因成簇分布。所有串联重复基因也都以基因簇的形式出现,这表明串联重复有利于基因簇的形成。系统发生树分析显示TIR-NBS-LRR(TNL)和CC-NBS-LRR(CNL)两类亚家族的抗病基因可能在进化过程中遵循不同的进化路径,导致其在应对病原菌侵染时发挥不同的功能。本研究发现将为鉴定新的植物抗病基因和解析亚麻荠高抗病机制提供科学参考。
[Abstract]:NBS resistance genes are the largest resistance genes in plants. Flax is a new type of energy and special oil crops, disease resistance, insects, weeds and stress ability is very strong. The molecular mechanism of its resistance was rarely reported. In this study, HMM model of NB-ARC standard domain was used to search and analyze the native protein database of flax camelina. NBS resistance genes were identified at the whole genome level. The results showed that there were 472 NBS resistance genes distributed on 17 chromosomes. 56% of the genes were clustered. All tandem repeat genes also appeared in the form of clusters. The phylogenetic tree analysis showed that TIR-NBS-LRRRNL) and CC-NBS-LRRRN CNL). The disease resistance genes of the two subfamilies may follow different evolutionary pathways in the course of evolution. This study will provide a scientific reference for identifying new plant resistance genes and elucidating the mechanism of high resistance of flax chestnut.
【作者单位】： 山西农业大学;晋中学院;
【基金】：国家自然科学基金项目(31201266,31401430,31501323) 国家“948”项目(2014-Z39) 山西省煤基重点科技攻关项目(FT-2014-01) 山西省科技厅应用基础研究项目(201601D202060) 山西省高校科技创新项目(2016171) 山西省高校大学生创新创业项目(2016413)共同资助
【分类号】：Q943.2;S435.659
【正文快照】： 植物在受到外界病原菌侵害时会产生一系列防御反应,大多数防御反应是经抗病基因(resistance gene,R基因)介导产生的。近年来,已有100多种的R基因从众多植物中被克隆出来,根据其编码蛋白的保守结构域不同可将抗病基因分为不同的类型,其中家族成员数目最多的一类即为核苷酸结合，

本文编号：1473648