三色堇4,5-多巴雌二醇双加氧酶基因的克隆及生物信息学分析

发布时间：2018-02-10 10:23

  本文关键词： 三色堇(Viola wittrockiana) -多巴雌二醇双加氧酶(DODA) cDNA末端快速克隆(RACE) 生物信息学　出处：《分子植物育种》2017年02期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：本实验以三色堇(Viola wittrockiana)的花瓣为研究材料,提取其总RNA,通过RACE(rapid-amplification of cDNA ends)技术扩增4,5-多巴雌二醇双加氧酶(4,5-DOPA dioxygenase extradiol)基因的cDNA全长,并对其进行生物信息学分析。本实验成功克隆VwDODA的cDNA全长1 055 bp,其中3'端非编码区157 bp,包含29 bp Poly(A),5'端非编码区103 bp,其开放阅读框为795 bp,编码263个氨基酸。通过NCBI的BLAST比对表明VwDODA编码的氨基酸序列与其他植物相关基因的相似性达到80.29%,与大豆(Glycine max)亲缘关系最近。通过生物信息学分析软件对VwDODA的蛋白质结构与功能进行预测,结果表明Vw D-%ODA是一种亲水稳定蛋白,不存在跨膜区域和信号肽,分子式为C1337H2026N356O384S7,等电点为6.70,分子量为29 455.37。本研究为将来三色堇中甜菜色素与花色素的互斥现象研究打下了基础。
[Abstract]:In this experiment, pansy (Viola Wittrockiana) were used as research materials, total RNA extracted by RACE (rapid-amplification of cDNA ends) amplified 4,5- DOPA estradiol dioxygenase (4,5-DOPA dioxygenase extradiol) the full-length cDNA gene, and its bioinformatics analysis. This study successfully cloned the full-length cDNA of VwDODA 1055 BP, the 3'non encoding region is 157 BP, containing 29 BP Poly (A), 5' non encoding region of 103 BP, the open reading frame is 795 BP, encoding 263 amino acids. The BLAST ratio of NCBI showed similarity to genes encoding the amino acid sequence of VwDODA with other plants reached 80.29%, and soybean (Glycine max) had the closest relationship. Through bioinformatics analysis of protein structure and function of VwDODA software to forecast, the results show that Vw D-%ODA is a stable hydrophilic protein, does not exist in the transmembrane domain and signal peptide, The molecular formula is C1337H2026N356O384S7, its isoelectric point is 6.70, molecular weight is 29 455.37. this study lays a foundation for future research for mutual exclusion beet pigment and anthocyanin pansy.

【作者单位】： 海南大学园艺园林学院热带作物种质资源保护与开发利用教育部重点实验室;
【基金】：国家自然科学基金项目(31060265;31260488) 海南大学中西部计划学科建设项目(ZXBJH-XK008)共同资助
【分类号】：S682.19;Q943.2

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本文编号：1500296