拟南芥蛋白质丰度与基因翻译效率关联分析

发布时间：2018-02-23 16:21

  本文关键词： 蛋白质丰度 基因表达 CAI ITE 翻译延伸效率 相关分析 拟南芥　出处：《中国生物工程杂志》2017年02期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：蛋白质的合成是一个复杂的过程,其中蛋白质丰度是衡量基因表达的一个最终指标,在生物体生命活动中具有重要作用的蛋白质通常都为高丰度蛋白质。通过对PaxDB网站拟南芥各组织器官蛋白质丰度的统计,并采用DAMBE和CodonW计算其对应基因的I_(TE)和CAI值,最后用R语言分析蛋白质丰度与I_(TE)的关系,并采用对数值替代原有的丰度值。结果表明,所使用的I_(TE)较原有CAI的分析方法更有效,在拟南芥的基因中高表达基因在不同的组织中有相似的表达水平,拟南芥蛋白质丰度与I_(TE)有很好的相关性,并且I_(TE)值能更好地拟合拟南芥蛋白质丰度值的变化。
[Abstract]:Protein synthesis is a complex process in which protein abundance is the ultimate indicator of gene expression. Proteins that play an important role in the life activities of organisms are usually high abundance proteins. Based on the statistics of protein abundance of Arabidopsis thaliana tissues and organs on the PaxDB website, DAMBE and CodonW are used to calculate the ISCT and CAI values of their corresponding genes. Finally, R language was used to analyze the relationship between protein abundance and CAI), and the logarithmic value was used to replace the original abundance value. The results showed that the ISAT method used was more effective than the original CAI analysis method. The high expression genes in Arabidopsis have similar expression levels in different tissues, and the protein abundance of Arabidopsis has a good correlation with Iapta, and I / T) can better fit the variation of protein abundance in Arabidopsis.
【作者单位】： 加拿大渥太华大学生物系;中国农业科学院农业资源与农业区划研究所;
【分类号】：Q943.2

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本文编号：1526835