冬凌草二萜类物质合成途径中相关功能基因分析

发布时间：2018-03-13 20:19

本文选题：冬凌草　切入点：转录组测序　出处：《河南中医药大学》2016年硕士论文　论文类型：学位论文

【摘要】：目的：1.选取合适的冬凌草材料进行转录组技术分析；2根据冬凌草转录组数据分析并选择冬凌草甲素、冬凌草乙素合成途径中DXR、IDI、ISPF. ISPH基因,进行大肠杆菌克隆、测序分析,获得正确的基因序列信息；3.针对克隆测序的基因,分析其生物信息；4.分别对冬凌草无菌苗做不同部位的基因相对表达量分析；5.做原核表达分析,验证克隆测序后基因的翻译蛋白分子量大小,并为后期蛋白功能分析奠定基础。方法：1.首先将含冬凌草甲素、冬凌草乙素较低产地的冬凌草无菌苗进行炼苗,使之能在室温环境下进行生长,然后分别在冬凌草叶片表面喷施不同浓度的茉莉酸甲酯,测量喷施后0h、6h、12h、24h、48 h、72h后的冬凌草甲素含量,进而确认含量变化最高点的材料。2.获得冬凌草转录组数据后,根据冬凌草二萜类物质合成代谢路径,分别选择5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶(1-deoxy -D- lxyluloses-pho sphatereduet oi someras e,DXR)、异戊烯基二磷酸异构酶(isopentenyl diphosphate isomerase,IDI).2-C-甲基赤藓醇-2,4-环焦磷酸合成酶(2-C-methyl -D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase ISPF)、二甲基烯丙基焦磷酸合成酶(4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reducta se ISPH)并分别设计克隆引物,做大肠杆菌克隆测序分析,获得正确基因序列。3.根据测序结果,在线BLAST同源性基因序列并采用在线软件进行蛋白翻译和生物信息分析。4.分别设计qRT-PCT引物,用荧光定量PCR仪做冬凌草无菌苗不同部位和添加刺激剂后胁迫诱导的表达量分析。5.针对DXR、IDI、ISPF、ISPH基因设计原核表达引物,采用PET-28 a载体、BL21感受态细胞,做原核表达分析。结果：1.添加不同浓度的刺激剂后发现在36h内冬凌草甲素含量变化不明显,因此采用本实验室前期多不同产地冬凌草的品质评价后的含冬凌草甲素、冬凌草乙素较高(DLC-G)产地的冬凌草和含冬凌草甲素、冬凌草乙素较低(DLC-D)产地的冬凌草作为冬凌草转录组测序材料。2.分别提取冬凌草DLC-G、DLC-D样品的mRNA,以mRNA为模板,研究得到cDNA文库。以cDNA文库作为转录组测序材料进行测序分析。DLC-G获得50934276 reads,GC含量为48.06%；DLC-D获得61561674 reads,GC含量为48.13%。共获得44626条unigenes。对GLC-G、GLC-D差异基因的表达分析表明,DLC-G、DLC-D2个样品共找到差异表达基因1298条,上调基因有339条,下调基因959条。3. DXR、IDI、ISPF、ISPH基因经过大肠杆菌克隆测序分析,获得了基因的序列,测序后的基因片段通过在线BLAST同源基因,最终确定下来了所选择基因(DXR、IDI、ISPF、ISPH)的基因序列信息。4.序列翻译后,发现DXR基因开放阅读匡为1422bp,编码473个氨基酸组成的蛋白质序列,蛋白分子量为51390.2,等电点为6.09；IDI基因开放阅读匡为906bp,编码301个氨基酸组成的蛋白质序列,蛋白分子量为27444.3,等电点为5.06；ISPF基因开放阅读匡为708bp,编码196个氨基酸组成的蛋白质序列,蛋白分子量为20870.1,等电点为6.75；ISPH基因开放阅读匡为1389bp,编码462个氨基酸组成的蛋白质序列,蛋白分子量为52094.0,等电点为5.82。5.不同部位基因表达量分析发现DXR基因在茎的表达量相对于根、叶较高,基本是其2倍,IDI基因在叶中的表达量较高,而在根和茎的表达量相差不大,ISPF基因在叶中的表达量最高,基本是在根中表达量的5倍,而其在茎中的表达量也基本是在根中表达量的3.8倍,ISPH基因在根、茎、叶中的表达量基本相同,三者之间差别不大；对于胁迫表达分析,茉莉酸甲酯促进DXR等4条基因的表达,只是表达量不明显,而赤霉素ATP、稀土元素镧和铈抑制其表达,其中赤霉素的抑制作用最强。6.通过IPTG诱导表达过夜后,做蛋白SDS-PAGE分析,诱导出了DXR、 ISPF、DXS基因蛋白。
[Abstract]:......
【学位授予单位】：河南中医药大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R284

【参考文献】