氨态氮对菲律宾蛤仔毒理机制研究的内参基因筛选

发布时间：2018-03-31 08:59

本文选题：氨氮　切入点：菲律宾蛤仔　出处：《生态毒理学报》2017年02期

【摘要】：为了准确和系统地分析NH_3-N对菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)毒性的分子机制,并对相关基因的转录组学数据进行验证,利用ge Norm和Normfinder这2种软件,以暴露30 d中不同时间点的鳃组织c DNA为模板,从18S r RNA(18S)、beta-actin(Actin)、beta-tubulin(Tubu)、elongation factor 1-alpha(EF1α)、cyclophilin A(Cy PA)、Ubiquitin(Ub)等6个备选管家基因中,筛选可以稳定表达的内参基因,作为转录组学分析的内参基因。以稀释50倍的鳃组织c DNA模板作为检测模板,ge Norm软件分析获得6对备选内参基因的表达稳定性依次为:EF1αCy PAActinTubuUb18S,较优内参为EF1α和Cy PA;Norm Finder软件分析获得6对备选内参基因的表达稳定性为:EF1αActinTubuCy PAUb18S,最优内参基因为EF1α。为了验证上述筛选结果,分别以EF1α和Cy PA作为内参基因研究unigene1的表达趋势,发现以EF1α为内参基因时,unigene1的q RT-PCR的表达趋势与其转录组表达倍数的变化趋势一致。因此确定NH_3-N暴露菲律宾蛤仔后,鳃组织中表达最为稳定的内参基因为EF1α。
[Abstract]:In order to accurately and systematically analyze the molecular mechanism of NH_3-N toxicity to Ruditapes philippinarum, and verify the transcriptional data of related genes, we used ge Norm and Normfinder software. Using c DNA of Gill tissue at different time points during 30 days of exposure as template, six candidate housekeeping genes, including 18s r RNA-18S DNA, beta-tubulin Tububane, factor 1-alpha(EF1 伪 -cyclophilin A(Cy PAA, Ubiquitin (Ub), were screened for stable expression. As the internal reference gene of transcriptome analysis, using 50 times dilute Gill tissue c DNA template as the detection template, the stability of expression of 6 pairs of alternative internal reference genes was obtained by Norm software. The order of stability was:: EF1 伪 Cy PAActinTubuUb18S. the optimal internal parameters were EF1 伪 and Cy PANORM Finder. The stability of the expression of 6 pairs of alternative internal reference genes was obtained by software analysis. The optimal internal reference gene was EF1 伪, and the optimal internal reference gene was EF1 伪. In order to verify the above screening results, EF1 伪 and Cy PA were used as internal reference genes respectively to study the expression trend of unigene1. It was found that the Q RT-PCR expression trend of EF1 伪 was consistent with that of its transcriptional multiple. Therefore, it was determined that after NH_3-N was exposed to clam larvae, the expression trend of Q RT-PCR was the same as that of EF1 伪. The most stable internal reference group in Gill tissue is EF1 伪.
【作者单位】：宁波大学海洋学院;中国科学院烟台海岸带研究所;烟台大学生命学院;
【基金】：国家自然科学基金(41406132)
【分类号】：X171.5

【参考文献】

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