松萝凤梨转录组基因内部单核苷酸多态性信息分析

发布时间：2018-04-02 21:33

本文选题：松萝凤梨　切入点：空气凤梨　出处：《分子植物育种》2017年07期

【摘要】：松萝凤梨(Tillandsia usneoides)是一种无根、可在无泥土的空气中生长的特殊植物,属于空气凤梨的一种。该植物直接通过其叶片从空气中吸收水分和养分,主要应用于环境指示、室内观赏、装饰等方面。由于其基因组信息的缺乏,其分子标记的开发和利用受到了一定的限制。利用新一代测序技术对松萝凤梨转录组进行深度测序,获得转录组数据。在转录组数据中,一共检测到了69 570个基因内部SNP(genic SNP),平每579 bp就有一个SNP。在Genic SNP中,转换占61.84%,颠换占38.12%。转换中A/G以及C/T之间的转换是最主要的形式,分别占了所有Genic SNP的31.54%和30.30%。对含有genic SNP位点序列(genic SNP-unigene,GSU)注释发现:12 926条GSU具有GO注释;7 572条GSU具有KOG注释;3 403条GSU具有KEGG注释。这些GSU涉及到了许多重要的生物功能和代谢途径。这些信息为松萝凤梨SNP标记的开发以及相关基因组研究奠定了基础。
[Abstract]:Due to the lack of genomic information, the development and utilization of molecular markers are limited.The transcriptome of pineapple was further sequenced by a new generation of sequencing techniques.In transcriptome data, a total of 69,570 genes were detected, with one SNPs per 579bp.In Genic SNP, transformation accounts for 61.84 and transversion for 38.12.The conversion between A / G and C / T is the main form of conversion, accounting for 31.54% and 30.30% of all Genic SNP, respectively.It was found that: 12 926 GSU have go annotation 7 572 GSU have KOG annotation 3 403 GSU have KEGG annotation.These GSU involve many important biological functions and metabolic pathways.This information laid a foundation for the development of SNP markers and the study of related genomes in pineapple and pineapple.
【作者单位】：浙江省农业科学院花卉研究开发中心国家花卉工程技术研究中心凤梨研发与推广中心;浙江省农业科学院园艺研究所;
【基金】：浙江省自然科学基金(LY17C150005) 浙江省公益技术应用研究项目(2016C32039) 浙江省农业科学院青年科技人才培养项目(2015R25R08E04);浙江省农业科学院科技创新能力提升工程(2014CX014) 杭州市种子种苗专项(2014093-2H19)共同资助
【分类号】：S682.3

【参考文献】