头颈部鳞癌中TP53基因的调控网络分析
本文选题:喉鳞状细胞癌 + TP ; 参考:《局解手术学杂志》2016年12期
【摘要】:目的挖掘隐藏在头颈部鳞癌中抑癌基因TP53表达异常的机制。方法从TCGA数据库中选取279例头颈部鳞癌样本的测序数据,利用cbioportal获得TP53基因在头颈部鳞癌中的表达情况及其对患者生存的影响,并筛选样本中与TP53存在共表达关系的基因。利用String和DAVID数据库,建立TP53的共表达网络并分析网络功能,通过lncRNA2target和Star Base数据库,筛选出能够调控TP53的短链非编码RNA(microRNA),长链非编码RNA(lncRNA)和竞争性内源性RNA(ceRNA),利用Cytoscape软件建立TP53相关基因调控网络。结果 279例头颈部鳞癌样本中共有77%的样本出现TP53表达异常,且TP53表达异常患者的生存率显著低于TP53正常表达的患者。此外,筛选出TP53基因的共表达基因288个,(Spearman分数和Pearson分数0.3)功能分析结果显示共表达基因的功能主要为转录调控、细胞凋亡、增殖过程和免疫应答等功能。TP53基因调控网络揭示has-miR-186-5p和has-miR-202-3p等43个microRNA能够靶向调控TP53基因;此外,MEG1、TUG1和MALAT1等6个lncRNA,PHC2、FZD4和TUB等56个mRNA能够通过ceRNA作用调控TP53。结论通过生物信息学方法和基因数据库建立的TP53相关基因调控网络揭示可能调控抑癌基因TP53的若干microRNA、lncRNA和ceRNA,可以为头颈部鳞癌中TP53的作用机制和以TP53为靶点的分子治疗提供新的切入点。
[Abstract]:Objective to explore the mechanism of abnormal expression of tumor suppressor gene (TP53) in head and neck squamous cell carcinoma (SCC). Methods the sequence data of 279 cases of head and neck squamous cell carcinoma were selected from TCGA database. The expression of TP53 gene in head and neck squamous cell carcinoma and its influence on the survival of patients were obtained by cbioportal, and the coexpression of TP53 gene in the sample was screened. Using String and DAVID database, the coexpression network of TP53 is established and the function of network is analyzed. Through the database of lncRNA2target and Star Base, Short chain noncoding RNAs, long chain noncoding RNAs and competitive endogenous RNAs were selected to regulate TP53. Cytoscape software was used to establish TP53 related gene regulatory networks. Results 77% of the 279 cases of head and neck squamous cell carcinoma had abnormal TP53 expression, and the survival rate of the patients with abnormal TP53 expression was significantly lower than that of the patients with normal TP53 expression. In addition, the functional analysis of 288 coexpression genes of TP53 gene showed that the function of co-expressed genes was mainly transcriptional regulation and apoptosis. Proliferation and immune response. TP53 gene regulatory network revealed that 43 microRNA such as has-miR-186-5p and has-miR-202-3p could target TP53 gene, and 56 mRNA, such as PHC2FZD4 and TUB, could regulate TP53 through ceRNA. Conclusion the TP53 related gene regulatory network established by bioinformatics and gene database reveals some microRNAs lncRNA and ceRNAs that may regulate tumor suppressor gene TP53, which may be the mechanism of TP53 in head and neck squamous cell carcinoma and the target molecule of TP53. Treatment provides new entry points.
【作者单位】: 内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉科;
【基金】:内蒙古医科大学科技百万工程项目(KJbw2013014)
【分类号】:R739.91
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,本文编号:1871912
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