当前位置:主页 > 科技论文 > 基因论文 >

头颈部鳞癌中TP53基因的调控网络分析

发布时间:2018-05-11 02:03

  本文选题:喉鳞状细胞癌 + TP ; 参考:《局解手术学杂志》2016年12期


【摘要】:目的挖掘隐藏在头颈部鳞癌中抑癌基因TP53表达异常的机制。方法从TCGA数据库中选取279例头颈部鳞癌样本的测序数据,利用cbioportal获得TP53基因在头颈部鳞癌中的表达情况及其对患者生存的影响,并筛选样本中与TP53存在共表达关系的基因。利用String和DAVID数据库,建立TP53的共表达网络并分析网络功能,通过lncRNA2target和Star Base数据库,筛选出能够调控TP53的短链非编码RNA(microRNA),长链非编码RNA(lncRNA)和竞争性内源性RNA(ceRNA),利用Cytoscape软件建立TP53相关基因调控网络。结果 279例头颈部鳞癌样本中共有77%的样本出现TP53表达异常,且TP53表达异常患者的生存率显著低于TP53正常表达的患者。此外,筛选出TP53基因的共表达基因288个,(Spearman分数和Pearson分数0.3)功能分析结果显示共表达基因的功能主要为转录调控、细胞凋亡、增殖过程和免疫应答等功能。TP53基因调控网络揭示has-miR-186-5p和has-miR-202-3p等43个microRNA能够靶向调控TP53基因;此外,MEG1、TUG1和MALAT1等6个lncRNA,PHC2、FZD4和TUB等56个mRNA能够通过ceRNA作用调控TP53。结论通过生物信息学方法和基因数据库建立的TP53相关基因调控网络揭示可能调控抑癌基因TP53的若干microRNA、lncRNA和ceRNA,可以为头颈部鳞癌中TP53的作用机制和以TP53为靶点的分子治疗提供新的切入点。
[Abstract]:Objective to explore the mechanism of abnormal expression of tumor suppressor gene (TP53) in head and neck squamous cell carcinoma (SCC). Methods the sequence data of 279 cases of head and neck squamous cell carcinoma were selected from TCGA database. The expression of TP53 gene in head and neck squamous cell carcinoma and its influence on the survival of patients were obtained by cbioportal, and the coexpression of TP53 gene in the sample was screened. Using String and DAVID database, the coexpression network of TP53 is established and the function of network is analyzed. Through the database of lncRNA2target and Star Base, Short chain noncoding RNAs, long chain noncoding RNAs and competitive endogenous RNAs were selected to regulate TP53. Cytoscape software was used to establish TP53 related gene regulatory networks. Results 77% of the 279 cases of head and neck squamous cell carcinoma had abnormal TP53 expression, and the survival rate of the patients with abnormal TP53 expression was significantly lower than that of the patients with normal TP53 expression. In addition, the functional analysis of 288 coexpression genes of TP53 gene showed that the function of co-expressed genes was mainly transcriptional regulation and apoptosis. Proliferation and immune response. TP53 gene regulatory network revealed that 43 microRNA such as has-miR-186-5p and has-miR-202-3p could target TP53 gene, and 56 mRNA, such as PHC2FZD4 and TUB, could regulate TP53 through ceRNA. Conclusion the TP53 related gene regulatory network established by bioinformatics and gene database reveals some microRNAs lncRNA and ceRNAs that may regulate tumor suppressor gene TP53, which may be the mechanism of TP53 in head and neck squamous cell carcinoma and the target molecule of TP53. Treatment provides new entry points.
【作者单位】: 内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉科;
【基金】:内蒙古医科大学科技百万工程项目(KJbw2013014)
【分类号】:R739.91

【相似文献】

相关期刊论文 前10条

1 李晓辉;异舒泛蓝淋巴显像在16例头颈部鳞癌中的应用[J];福建医药杂志;2003年06期

2 倪松;徐震纲;;进展期头颈部鳞癌非手术治疗的研究进展[J];实用癌症杂志;2006年05期

3 储大同;;晚期和区域性局部晚期头颈部鳞癌的内科治疗进展[J];医学研究杂志;2010年02期

4 A.D.King;D.K.W.Yeung;K.S.Bhatia;龙淼淼;;头颈部鳞癌:扩散加权成像对于治疗的预测和监控研究[J];国际医学放射学杂志;2010年06期

5 郑家伟,贾学林;头颈部鳞癌治疗进展[J];国外医学.口腔医学分册;1995年04期

6 于俊秀;尹海林;;老年人头颈部鳞癌[J];国外医学(老年医学分册);1996年03期

7 ;遗传因素在头颈部鳞癌起因方面的作用[J];国外医学.耳鼻咽喉科学分册;1997年04期

8 ;美国科学家的基因组测序分析揭示更多头颈部鳞癌相关基因[J];生物学教学;2012年03期

9 陶泽璋,public.wh.hb.cn,刘剑锋,肖伯奎,杨强,詹汉章;头颈部鳞癌及癌旁组织端粒酶活性研究[J];癌症;2000年07期

10 刘剑锋,陶泽璋,杨强,肖伯奎,詹汉章;头颈部鳞癌及癌旁组织端粒酶活性检测[J];临床耳鼻咽喉科杂志;2000年06期

相关会议论文 前10条

1 何小慧;;头颈部鳞癌的内科治疗进展[A];第三届中国肿瘤内科大会教育集暨论文集[C];2009年

2 朱国培;;头颈部鳞癌的综合治疗进展[A];2007第六届全国放射肿瘤学学术年会论文集[C];2007年

3 张军;;专题十六:头颈部鳞癌分子靶向放免治疗:现状与未来[A];首届浙江省青年核医学与分子影像论坛暨浙江省第十三届核医学与放射医学防护学术会议论文汇编[C];2013年

4 应学明;陈俊;汤声波;;同步化放疗联合尼妥珠单抗治疗局部晚期头颈部鳞癌Ⅱ期临床研究[A];江西省中医、中西医结合肿瘤学术交流会论文集[C];2012年

5 倪晓光;王贵齐;;窄带成像技术在头颈部鳞癌早期诊断中的应用[A];2010全国耳鼻咽喉头颈外科中青年学术会议论文汇编[C];2010年

6 易俊林;高黎;黄晓东;罗京伟;李素艳;肖建平;张涛;徐国镇;;术前同步放化疗在局部晚期头颈部鳞癌治疗中的Ⅲ期临床研究[A];2007第六届全国放射肿瘤学学术年会论文集[C];2007年

7 李小囡;;西妥昔单抗联合化疗治疗头颈部鳞癌初步研究[A];第八次全国口腔颌面—头颈肿瘤会议论文汇编[C];2009年

8 许婷婷;胡超苏;应红梅;朱国培;吴永如;王孝深;孔琳;沈春英;;联合西妥昔单抗综合治疗复发/转移性头颈部鳞癌[A];第六届全国鼻咽癌学术大会论文汇编[C];2010年

9 王大章;张萍;李杨;郑光勇;胡静;;头颈部鳞癌的多药耐药性——机理与对策[A];第一届全国口腔颌面部肿瘤学术会议论文汇编[C];2001年

10 徐本义;王龙龙;;TNPP方案在头颈部鳞癌术前化疗34例分析[A];第四届中国肿瘤学术大会暨第五届海峡两岸肿瘤学术会议论文集[C];2006年

相关重要报纸文章 前2条

1 湖南省肿瘤医院头颈科 陈杰;头颈部鳞癌患者要定期复查[N];大众卫生报;2002年

2 朋复;单一紫杉醇治疗头颈部鳞癌疗效一般[N];中国高新技术产业导报;2001年

相关博士学位论文 前10条

1 崔志滨;头颈部鳞状细胞癌中TRIM24和PLU-1基因的功能研究[D];上海交通大学;2014年

2 徐伟;头颈部鳞癌化疗耐药性与耐药基因表达谱的相关性研究[D];中国协和医科大学;2002年

3 徐金科;胶原受体DDR2在头颈部鳞癌中的作用研究[D];第四军医大学;2013年

4 卞卡;MicroRNA-203在头颈部鳞癌细胞中的生物学功能及作用机制的研究[D];第四军医大学;2014年

5 谢磊;头颈部鳞癌对自然杀伤细胞Toll样受体3表达的影响[D];浙江大学;2007年

6 朱文渊;神经酰胺在头颈部鳞状细胞癌中作用和机制的研究[D];浙江大学;2014年

7 张彬;颈分区性清扫术治疗头颈部鳞癌的远期疗效分析[D];中国协和医科大学;2002年

8 阮宏莹;Dehydroxymethylepoxyquinimicin(DHMEQ)/核因子kappa B抑制剂对头颈部鳞癌细胞增殖抑制作用的研究[D];天津医科大学;2004年

9 左建宏;Bcl-2高表达诱导头颈部鳞癌细胞部分EMT、促进其侵袭和转移机制研究[D];中南大学;2012年

10 杜晓东;头颈部鳞癌NO、iNOS的表达及保留喉功能的非开胸颈段食管癌切除术[D];山东大学;2005年

相关硕士学位论文 前10条

1 林炜;自噬相关基因Beclin-1、葡萄糖转运蛋白-1、缺氧诱导因子-1α在喉癌中表达及意义[D];浙江大学;2015年

2 张卓;头颈部鳞癌中Parafibromin表达及其临床病理意义[D];辽宁医学院;2015年

3 蒋艳明;头颈部鳞癌指南及下颌骨放射性骨坏死的循证研究[D];广西医科大学;2013年

4 赵明;成纤维细胞生长因子受体-3在头颈部鳞癌中的表达及其意义[D];浙江大学;2003年

5 张昊;头颈部鳞癌术后同步放化疗的临床疗效观察[D];山东大学;2009年

6 钱薇;局部晚期头颈部鳞癌经综合治疗取得的疗效、预后相关因素和远期器官功能的研究[D];复旦大学;2013年

7 周霞东;分子靶向治疗在头颈部鳞癌的临床应用进展[D];兰州大学;2010年

8 李立;西妥昔单抗联合放疗治疗头颈部鳞癌临床观察[D];中南大学;2010年

9 徐蓓;INF-γ增加头颈部鳞癌细胞化疗敏感性的机制研究[D];南京医科大学;2014年

10 唐源;放疗联合EGFR单抗治疗局部晚期头颈部鳞癌的疗效分析[D];北京协和医学院;2013年



本文编号:1871912

资料下载
论文发表

本文链接:https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/1871912.html


Copyright(c)文论论文网All Rights Reserved | 网站地图 |

版权申明:资料由用户a5369***提供,本站仅收录摘要或目录,作者需要删除请E-mail邮箱bigeng88@qq.com