龙眼生长素受体基因TIR1密码子偏好性分析
本文选题：龙眼 + 密码子偏好性 ； 参考：《园艺学报》2016年04期
【摘要】：为了解龙眼生长素受体基因TIR1密码子的使用特性,采用CodonW、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析龙眼TIR1密码子的偏好性,并分别与龙眼基因组、其他29个物种TIR1以及模式生物基因组进行比较。结果显示,龙眼TIR1与龙眼基因组的密码子选择偏性较弱且较偏好以A/T结尾,而物种间TIR1密码子选择偏性则存在一定差异;进化树分析表明,基于TIR1编码序列聚类结果比密码子使用偏性分类结果能更准确地反映物种间的亲缘关系;密码子使用频率比较结果发现,酵母真核表达系统更适用于龙眼TIR1异源表达试验,而龙眼TIR1与模式植物基因组之间密码子使用偏性差异较小,尤其烟草和番茄可能为该基因转基因研究最为理想的受体。
[Abstract]:In order to understand the characteristics of TIR1 codon of longan auxin receptor gene, the preference of longan TIR1 codon was analyzed by CodonWSS-SPSS software and EMBOSS online program, and compared with that of longan genome, TIR1 of other 29 species and model organism, respectively. The results showed that the codon selection bias of longan TIR1 and longan genome was weaker and preferred to end at the end of A / T, but there were some differences among species in TIR1 codon selection, and phylogenetic tree analysis showed that, The clustering results based on TIR1 coding sequence were more accurate than the results of codon bias classification, and the results of codon frequency comparison showed that the yeast eukaryotic expression system was more suitable for the heterologous expression test of longan TIR1. However, there was little difference in codon usage between longan TIR1 and model plant genomes, especially tobacco and tomato, which may be the most ideal receptor for transgenic study of the gene.
【作者单位】： 福建农林大学园艺植物生物工程研究所;
【基金】：国家自然科学基金项目(31201614,31272149) 教育部新教师类博士点基金项目(20123515120008)
【分类号】：S667.2
【参考文献】
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，本文编号：1967256
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