盐胁迫下棉花LTR-反转座子的转录激活及在耐盐相关基因发掘中的应用

发布时间：2018-06-07 23:24

  本文选题：棉花 + 盐胁迫　； 参考：《江苏农业学报》2017年06期

【摘要】：LTR-反转座子是棉花基因组的主要组成部分,在基因组中通常呈现"静止"状态。但受到胁迫刺激时,部分反转座子的转录活性可被"激活",可能影响邻近基因的表达。本研究在盐胁迫下通过生物信息学手段,在旱地棉转录组数据库中检测到3 885个转录激活的候选LTR-反转座子;这些候选LTR-反转座子上下游5 kb内共有1 787个邻近基因,其中377个邻近基因在盐胁迫下差异表达,通过对377个基因进行功能注释发现,326个基因注释到GO数据库中,并且部分基因与棉花已报道过的耐盐抗旱基因同源。本研究结果将为棉花的耐盐分子机理解析提供一定的理论基础。
[Abstract]:LTR- retrotransposon is the main component of cotton genome, in which it is usually "stationary". However, the transcriptional activity of some retrotransposons can be "activated" when stimulated by stress, which may affect the expression of adjacent genes. In this study, 3,885 candidate LTR-retrotransposons for transcriptional activation were detected by bioinformatics in upland cotton transcriptome database under salt stress, and there were 1,787 adjacent genes in the upstream and downstream 5kb of these candidate LTR-retrotransposons. 377 adjacent genes were differentially expressed under salt stress, 326 genes were found in go database by functional annotation of 377 genes, and some genes were homologous to the previously reported genes of salt tolerance and drought resistance in cotton. The results of this study will provide a theoretical basis for the molecular mechanism analysis of salt tolerance in cotton.
【作者单位】： 南通大学生命科学学院;江苏省农业科学院经济作物研究所/农业部长江下游棉花和油菜重点实验室;
【基金】：江苏省科技项目(BK20150540) 国家转基因生物新品种培育重大专项(2014ZX08005-004-002) 江苏省农业科技自主创新基金项目[CX(14)5008]
【分类号】：S562

【相似文献】

相关期刊论文 前6条

1 高东迎;何冰;孙立华;;水稻转座子研究进展[J];植物学通报;2007年05期

2 高志勇;;玉米Mutator转座子结构特征和基因克隆的研究进展[J];玉米科学;2014年03期

3 吴迪;刘斌;侯文胜;朱延明;韩天富;;转座子标签法及其在大豆功能基因组研究中的应用前景[J];大豆科学;2007年02期

4 ;ISAAA信息[J];中国生物工程杂志;2008年10期

5 钱叶雄;江海洋;程备久;朱苏文;;玉米MuDR转座子DNA甲基化的MSP检测(英文)[J];激光生物学报;2009年06期

6 许莹修;杜建厂;;马铃薯(Solanum tuberosum L.)全基因组水平上LTR-逆转座子的鉴定与进化分析[J];基因组学与应用生物学;2013年06期

相关会议论文 前1条

1 张云峰;;小麦中转座子存在的可能性初探[A];中国细胞生物学学会第五次会议论文摘要汇编[C];1992年

相关博士学位论文 前5条

1 冉莉萍;人工合成甘蓝型油菜的遗传和表观遗传变异分析[D];扬州大学;2017年

2 龙丽坤;高压诱导水稻发生可遗传DNA甲基化变异和转座子mPing及Pong的转座激活[D];东北师范大学;2006年

3 杜邓襄;玉米高效转基因体系建立与基于人工Ac/Ds转座子的激活标签突变体生成系的创建[D];华中农业大学;2017年

4 郝建琴;旱稻Ac/Ds标签遗传转化体的构建与转座分析[D];中国农业大学;2014年

5 单晓辉;菰DNA渐渗诱发水稻内源转座子mPing、Pong的转座激活[D];东北师范大学;2007年

相关硕士学位论文 前10条

1 杨晶晶;组织培养诱导下水稻met1-2突变体反转座子Tos17活性与组蛋白修饰关系研究[D];东北师范大学;2015年

2 王菁菁;烟草基因组一类微小倒置重复转座元件（MITE）的转座活性及真应用[D];浙江大学;2016年

3 曾怡锦;温、热带玉米特异转座子的验证及功能初探[D];四川农业大学;2016年

4 江婷婷;关于水稻渐渗杂交过程诱导多个转座元件转座情况的研究[D];东北师范大学;2016年

5 刘宇原;大豆转座子Tgm9的改造[D];西北大学;2016年

6 陈楚润;基于基因组重测序的玉米温热带自交系转座子特征分析[D];四川农业大学;2015年

7 刘红磊;人工合成甘蓝型油菜不同世代中转座子甲基化变化规律的研究[D];西南大学;2014年

8 李晓伟;诱导型Ds转座载体的构建及其在拟南芥和玉米中的应用[D];山东农业大学;2012年

9 柴娜;水稻转座子Pong pBI121-TPAS ihpRNA载体的构建及农杆菌介导的遗传转化[D];东北师范大学;2011年

10 周天奇;静水压胁迫诱导水稻产生遗传与表观遗传学胁迫记忆的研究[D];东北师范大学;2015年

，

本文编号：1993267