原核生物全基因组中16S rRNA基因的识别

发布时间：2018-08-08 12:28

【摘要】：【目的】识别原核生物全基因组中的16S rRNA基因。【方法】本文依据基因序列的GC碱基含量、碱基3-周期性和马尔可夫链3个方面的特性,构建了识别原核生物全基因组中16S rRNA基因的三层过滤模型。【结果】经检验,模型的特异性、敏感性和马修斯相关系数分别为99.58%、91.60%和91.49%。【结论】结果表明,本文所提出的方法可以高效、准确地识别出16S rRNA基因。
[Abstract]:[objective] to identify 16s rRNA gene in the whole genome of prokaryotes. [methods] according to the GC base content, the base 3-periodicity and the Markovian chain characteristics of the gene sequence, A three-layer filter model for recognizing 16s rRNA gene in prokaryote genome was constructed. [results] the specificity, sensitivity and Matthews correlation coefficient of the model were 99.58% and 91.49%, respectively. [conclusion] the results showed that the specificity, sensitivity and Matthews correlation coefficient of the model were 99.58% and 91.49%, respectively. [conclusion] The method proposed in this paper can identify 16s rRNA gene efficiently and accurately.
【作者单位】： 南京农业大学理学院;
【基金】：国家自然科学基金(11571173) 江苏省自然科学基金(BK20141358)~~
【分类号】：Q78

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本文编号：2171787