鳙低氧胁迫差异表达基因的cDNA-AFLP分析

发布时间：2018-08-27 06:08

【摘要】：低氧是水产养殖动物面临的主要胁迫之一。鳙(Hypophthalmichthys nobilis)是我国最重要的淡水养殖鱼类之一,其对低氧胁迫敏感,但相关的遗传基础研究报道很少。本研究利用cDNA-扩增片段长度多态性(cDNA-amplified fragment length polymorphism,cDNA-AFLP)技术对低氧敏感和低氧耐受两组鱼进行比较分析,鉴定鳙与低氧反应相关的信号通路中的差异表达基因。从Eco RⅠ和MseⅠAFLP体系的256个引物组合共获得10 571条转录衍生片段(transcript-derived fragments,TDFs)。其中,低氧胁迫后差异表达的TDFs数目为221个,包括上调表达137个(62%),下调表达84个(38%)。对70个差异TDFs成功地进行了切胶回收、PCR产物克隆和测序,序列比对分析后发现:29个TDFs在数据库中未检索到同源序列;9个TDFs比对到未知功能序列;32个TDFs比对到已知生物学功能的序列,其功能包括转录调控、应激和信号转导、能量代谢、蛋白质合成、免疫防御以及细胞生长与增殖。随机选取4个已知功能的TDFs(ANXA6、TRIM25、Tnp和RBAT)进行qRT-PCR验证,结果显示:ANXA6、TRIM25和Tnp在低氧胁迫后的表达模式与AFLP分析结果一致,RBAT与AFLP结果不一致。本研究结果有助于揭示鳙应对低氧逆境的生理和遗传调控机制,同时对鳙抗逆品种的分子标记辅助选育也有一定的参考价值。
[Abstract]:Hypoxia is one of the main stresses faced by aquaculture animals. Bighead carp (Hypophthalmichthys nobilis) is one of the most important freshwater cultured fish in China. In this study, cDNA- amplified fragment length polymorphism (cDNA-amplified fragment length polymorphism,cDNA-AFLP) was used to compare the two groups of hypoxia sensitive and hypoxic tolerance, and to identify the differentially expressed genes in the signal pathway associated with hypoxia response of bighead carp (bighead carp). A total of 10 571 transcriptional derivative fragments (transcript-derived fragments,TDFs) were obtained from 256 primer combinations of Eco R 鈪，

本文编号：2206360