葡萄miR169及其靶基因的生物信息学分析

发布时间：2018-08-28 06:25

【摘要】：【目的】明确葡萄miR169(vvi-miR169)基因家族在葡萄生长发育及逆境胁迫响应中的重要作用,为其在葡萄分子育种和抗逆新品种选育中的应用提供参考依据。【方法】利用miRNA、Phytozome、NCBI等数据库及Clustal X2.1、MEGA 6.0、RNAfold Web Server、ps RNATarget等在线软件对vvi-miR169基因家族的序列分布、定位特征、二级结构、发育进化树和靶基因调控功能进行生物信息学分析。【结果】在miRBase中搜索到25条vvi-miR169基因同源序列,分别分布在6条染色体上,其中以位于Chr11上的序列最多,共有17条,位于Chr01、Chr04和Chr14上各有2条,而在Chr08和Chr17上各有1条。vvi-miR169基因家族成熟序列的碱基保守性很高,其前体序列均可形成稳定的二级茎环结构,且位于同一条染色体上的miR169基因序列显示出相对更近的亲缘关系。vvi-miR169基因家族共预测到21个靶基因,绝大部分miRNA都有多个靶基因,且不同miRNA具有相同的靶基因,其中有22个miRNA靶基因均含有GSVIVT01015120001(NF-YA转录因子)。【结论】vvi-miR169基因家族序列保守性较高,家族特征明显,且具有相似的调控功能;NF-YA转录因子是vvi-miR169基因家族最主要的靶基因,也是葡萄生长发育过程中抗逆境胁迫的主要调控元件。
[Abstract]:[objective] to clarify the important role of miR169 (vvi-miR169) gene family in the growth and development of grape and the response to stress. [methods] using miRNA,Phytozome,NCBI database and online software such as Clustal X2.1 MEGA6.0 RNAfold Web Server,ps RNATarget to analyze the sequence distribution, location characteristics and secondary structure of vvi-miR169 gene family. The developmental evolutionary tree and target gene regulation function were analyzed by bioinformatics. [results] 25 homologous sequences of vvi-miR169 gene were found in miRBase, which were distributed on 6 chromosomes respectively, among which 17 were located on Chr11. There were two bands in Chr01,Chr04 and two in Chr14, and one in Chr08 and one in Chr17. The mature sequence of vvi-miR169 gene family was highly conserved, and its precursor sequence could form a stable secondary stem ring structure. Moreover, the sequence of miR169 gene located on the same chromosome showed that there were 21 target genes in the relative close relationship. Vvi-miR169 gene family predicted a total of 21 target genes. Most of the miRNA had multiple target genes, and different miRNA had the same target gene. Among them, 22 miRNA target genes all contain GSVIVT01015120001 (NF-YA transcription factors). [conclusion] the sequence of vvi-miR169 gene family is highly conserved, the family features are obvious, and NF-YA transcription factor is the most important target gene of vvi-miR169 gene family with similar regulatory function. It is also the main regulatory element of resistance to stress during the growth and development of grape.
【作者单位】： 广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室;广西农业科学院;
【基金】：国家博士后科学基金项目(2014M562497XB) 广西八桂学者专项资金项目([2013]3号) 广西农业科学院科技发展基金项目(桂农科2015JM28);广西农业科学院基本科研业务专项项目(桂农科2017YM33)
【分类号】：Q943.2;S663.1

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