苹果LysM类受体激酶基因家族鉴定与表达分析

发布时间：2018-09-12 11:47

【摘要】：以LysM(PF01476)和Pkinase(PF00069)保守域全蛋白序列为种子序列,在全基因组范围比对分析了苹果(Malus×domestica Borkh.)LysM-RLK家族的成员,对其家族成员的理化性质、进化关系、染色体分布、基因结构等进行了分析;基于已公布的转录组学数据,分析了LysM-RLK基因在苹果组织、发育过程和生物胁迫中的表达情况。通过分析,共获得12个苹果LysM-RLK基因,其氨基酸序列大小介于553~1 053,分子量介于62.65~119.04 kD,等电点介于5.11~7.45,主要位于质膜;根据进化分析将其分为3个亚组,亚组内各成员的外显子—内含子结构呈现较为相似的特征。基因表达数据显示,苹果的4个LysM-RLK基因表达存在较大的组织特异性,7个基因在苹果腐烂病和再植病发病过程中为差异表达。
[Abstract]:Using LysM (PF01476) and Pkinase (PF00069) conserved whole protein sequences as seed sequences, the members of Malus 脳 domestica Borkh.) LysM-RLK family were analyzed in the whole genome range. The physicochemical properties, evolutionary relationship, chromosome distribution and gene structure of Malus 脳 domestica Borkh.) LysM-RLK family were analyzed. Based on the published transcriptome data, the expression of LysM-RLK gene in apple tissues, development process and biological stress was analyzed. A total of 12 LysM-RLK genes were obtained from apple, whose amino acid sequence size was between 553 and 1053, and the molecular weight was between 62.65 and 119.04 kD, isoelectric point, which was mainly located in the plasma membrane, and was divided into three subgroups according to evolutionary analysis. The exon-intron structure of each member of the subgroup showed similar characteristics. The data of gene expression showed that the four LysM-RLK genes in apple had higher tissue specificity and 7 genes were differentially expressed in the process of apple rot disease and replant disease.
【作者单位】： 甘肃农业大学园艺学院;
【基金】：甘肃省苹果产业科技攻关项目(GPCK2013-2) 国家自然科学基金项目(31501728)
【分类号】：S661.1

【参考文献】

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【共引文献】

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【二级参考文献】

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本文编号：2238911