家蚕cyp450基因家族密码子的用法分析

发布时间：2018-09-19 14:24

【摘要】：为了研究家蚕cyp450基因家族的密码子用法及影响密码子使用模式的主要因子,试验采用多种软件分析家蚕cyp450基因家族的碱基组成、序列同源性、密码子偏好性,得到统计cyp450基因家族密码子使用偏好性的各项参数,并对各项指数进行相关性分析。结果表明:家蚕cyp450基因家族位于AT丰度高的基因组区域,倾向于使用富含A、T且A、T结尾的密码子,整个基因组的同义密码子使用偏好性较弱;cyp450基因家族的序列同源性很低,大多数值在40%左右。突变压力在密码子的三个位置作用程度相关性不显著。说明自然选择引起的碱基组成变化在家蚕cyp450基因家族密码子使用中起主要作用。
[Abstract]:In order to study the codon usage of CYP450 gene family in silkworm and the main factors affecting codon usage patterns, several softwares were used to analyze the base composition, sequence homology and codon preference of CYP450 gene family in silkworm. Correlation analysis showed that the CYP450 gene family was located in the genome region with high AT abundance, and tended to use codons rich in A, T and A, T. The synonymous codon preference of the whole genome was weak; the sequence homology of the CYP450 gene family was very low, most of which was about 40%. There was no significant correlation between the degree of placement, indicating that the changes of base composition caused by natural selection played a major role in codon usage of CYP450 gene family in silkworm.
【作者单位】： 承德医学院蚕业研究所;河北省高校特产蚕桑应用技术研发中心;承德医学院基础医学院;
【基金】：承德医学院校级课题(201419) 河北省高等学校科学技术研究项目(QN2016188) 河北省教育厅重大课题(ZD2016044)
【分类号】：Q78;S881.2

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