基于RNA-Seq技术苹果基因结构优化与新转录本预测

发布时间：2018-10-26 21:12

【摘要】：苹果(Malus domestica)已经完成全基因组测序并公布全基因组图谱,但是基因注释信息很不完善,因此本试验利用RNA-Seq技术对苹果已注释基因结构进行优化和新转录本预测。以‘富士’花后15、30、45、60 d的果肉为材料提取总RNA,构建文库并使用Illumina双末端测序HiSeq 2500平台进行测序,获得高质量的序列(clean reads)。将得到的结果与苹果‘金冠’参考基因组进行比对,共优化了13 272个已注释基因的结构,优化基因5′端和3′端数目分别为8 843个和8 955个,另外,共鉴定得到1 604个新的转录本,部分基因参与了苹果的转录表达调控、生长调节、氨基酸和糖类等的代谢过程。
[Abstract]:Apple (Malus domestica) has completed the whole genome sequencing and published the whole genome map, but the information of gene annotation is not perfect. Therefore, the RNA-Seq technology is used to optimize the structure of the annotated gene and predict the new transcripts of apple. The total RNA, was extracted from the pulp of 'Fuji' from the pulp for 60 days. The library was constructed by using the HiSeq 2500 platform of Illumina double terminal sequencing. The high quality sequence (clean reads). Was obtained. Comparing the results with the apple 'golden crown' reference genome, the structure of 13 272 annotated genes was optimized. The number of 5 'ends and 3' ends of the optimized genes were 8 843 and 8 955, respectively. A total of 1 604 new transcripts were identified, some of which were involved in the regulation of transcription expression, growth regulation, amino acid and carbohydrate metabolism in apple.
【作者单位】： 山东农业大学园艺科学与工程学院作物生物学国家重点实验室;
【基金】：山东省现代农业产业技术体系创新团队(SDAIT-06-07) 现代农业产业技术体系建设专项经费(CARS-28) 公益性行业(农业)科研专项经费(201303093) 支撑计划专项经费(2014BAD6B102)~~
【分类号】：Q943.2;S661.1

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本文编号：2296958