一种兼具生物和物理特征的E基因签名方法——以p53家族基因为例

发布时间：2018-12-14 02:24

【摘要】：在原来的具有生物特性的基因签名方法上,引入具有一定的物理特性的核苷酸游离电子的平均能量(EIIP),建立了一种新的E基因签名方法。定义了两序列间的E欧氏距离及e均方差公式,并对相关物种进行层次聚类分析。通过对20个物种的p53家族基因m RNA完整的CDS序列进行E基因签名得出,在每种基因中均有,物种关系越近,其基因签名相似度越高。将聚类结果与原来的基因签名方法的聚类结果作对比,发现了E基因签名方法更准确,从而更有利于深入了解p53家族基因的性质。
[Abstract]:Based on the original genetic signature method with biological characteristics, a new E gene signature method was established by introducing the average energy (EIIP), of nucleotide free electrons with certain physical properties. The E Euclidean distance and e mean square error formula between two sequences are defined, and the related species are analyzed by hierarchical clustering. Based on the E gene signature of the complete CDS sequence of p53 gene m RNA from 20 species, it was found that the closer the species relationship was, the higher the similarity of gene signature was. By comparing the clustering result with that of the original gene signature method, it is found that the E gene signature method is more accurate, which is beneficial to the further understanding of the properties of p53 family genes.
【作者单位】： 江南大学理学院;
【基金】：国家自然科学基金面上项目(No.11271163)
【分类号】：Q811.4

【参考文献】

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【共引文献】

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5 吴宪明;吴松锋;任大明;朱云平;贺福初;;密码子偏性的分析方法及相关研究进展[J];遗传;2007年04期

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本文编号：2377738